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L'OIRSA trouve son origine en octobre 1953 à l'occasion de la cinquième conférence des ministres de l'agriculture du Mexique et de pays de l'Amérique centrale, qui adopta la charte constitutive de l'OIRSA, connue sous le nom de « seconde convention de San Salvador ». Cet accord fut modifié en 1987 au Guatemala et remplacé par l'accord en vigueur actuellement.
Le Belize et la République dominicaine ont adhéré à l'OIRSA respectivement en 1996 et 2003.