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#ifndef DATA_MANIPULATION
#define DATA_MANIPULATION
#include <RcppEigen.h>
#include <progress.hpp>
#include <cmath>
#include <unordered_map>
#include <fstream>
#include <string>
using namespace Rcpp;
//----------------------------------------------------
Eigen::SparseMatrix<double> RunUMISampling(Eigen::SparseMatrix<double> data, int sample_val,
bool upsample, bool display_progress);
Eigen::SparseMatrix<double> RunUMISamplingPerCell(Eigen::SparseMatrix<double> data,
NumericVector sample_val, bool upsample,
bool display_progress);
Eigen::SparseMatrix<double> RowMergeMatrices(Eigen::SparseMatrix<double, Eigen::RowMajor> mat1,
Eigen::SparseMatrix<double, Eigen::RowMajor> mat2,
std::vector< std::string > mat1_rownames,
std::vector< std::string > mat2_rownames,
std::vector< std::string > all_rownames);
Eigen::SparseMatrix<double> LogNorm(Eigen::SparseMatrix<double> data, int scale_factor,
bool display_progress );
Eigen::MatrixXd FastRowScale(Eigen::MatrixXd mat, bool scale, bool center, double scale_max,
bool display_progress);
NumericMatrix Standardize(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> mat, bool display_progress);
Eigen::MatrixXd FastSparseRowScale(Eigen::SparseMatrix<double> mat, bool scale, bool center,
double scale_max, bool display_progress);
Eigen::MatrixXd FastCov(Eigen::MatrixXd mat, bool center);
Eigen::MatrixXd FastCovMats(Eigen::MatrixXd mat1, Eigen::MatrixXd mat2, bool center);
Eigen::MatrixXd FastRBind(Eigen::MatrixXd mat1, Eigen::MatrixXd mat2);
Eigen::VectorXd FastExpMean(Eigen::MatrixXd mat, bool display_progress);
Eigen::VectorXd FastRowMean(Eigen::MatrixXd mat, bool display_progress);
Eigen::VectorXd FastLogVMR(Eigen::SparseMatrix<double> mat, bool display_progress);
Eigen::VectorXd FastExpVar(Eigen::SparseMatrix<double> mat, bool display_progress);
Eigen::VectorXd SparseRowVar(Eigen::SparseMatrix<double> mat, bool display_progress);
NumericVector SparseRowVar2(Eigen::SparseMatrix<double> mat,
NumericVector mu,
bool display_progress);
NumericVector SparseRowVarStd(Eigen::SparseMatrix<double> mat,
NumericVector mu,
NumericVector sd,
double vmax,
bool display_progress);
NumericVector RowVar(Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> x);
//----------------------------------------------------
#endif//DATA_MANIPULATION