量子化学与分子力学

分子模拟
Molecular Modelling
孙宏伟
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《量子化学与分子力学/分子模拟》第一章 绪论 http://struchem.nankai.edu.cn
 第一章 绪 论
§1.1 分子模拟的概念
§1.2 分子模拟研究现状
§1.3 本课程的目标
§1.4 课程内容
§1.5 常用软件
§1.6 学习要求
§1.7 参考书

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 §1.1 分子模拟的概念
分子模拟(Molecular Modeling) 泛指用于模拟分子或分子体系性质的
方法，定位于表述和处理基于三维结构的分子结构和性质
From A. R. Leach, Molecular Modeling: Principle and Application
Molecular modeling encompasses all theoretical methods and computational techniques used to model
or mimic the behaviour of molecules. The techniques are used in the fields of computational chemistry,
drug design, computational biology and materials science for studying molecular systems ranging
from small chemical systems to large biological molecules and material assemblies.
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Quantum Mechanics 量子力学 Molecular Mechanics 分子力学

Theoretical Chemistry 理论化学 Computational Chemistry 计算化学
Computer Chemistry 计算机化学 Molecular Modeling 分子模拟
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The term theoretical chemistry may be defined as a mathematical description of
chemistry, whereas computational chemistry is usually used when a
mathematical method is sufficiently well developed that it can be automated for
implementation on a computer. In theoretical chemistry, chemists, physicists and
mathematicians develop algorithms and computer programs to predict atomic and
molecular properties and reaction paths for chemical reactions. Computational
chemists, in contrast, may simply apply existing computer programs and
methodologies to specific chemical questions.
There are two different aspects to computational chemistry:
• To find a starting point for a laboratory synthesis, or to assist in understanding
experimental data, such as the position and source of spectroscopic peaks.
• To predict the possibility of so far entirely unknown molecules or to explore
reaction mechanisms that are not readily studied by experimental means.
Thus, computational chemistry can assist the experimental chemist or it can
challenge the experimental chemist to find entirely new chemical objects
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计算化学研究领域：
• The prediction of the molecular structure of molecules by the use of the simulation of
forces, or more accurate quantum chemical methods, to find stationary points on the
energy surface as the position of the nuclei is varied.
• Storing and searching for data on chemical entities (see chemical databases).
• Identifying correlations between chemical structures and properties (see QSPR and
QSAR).
• Computational approaches to help in the efficient synthesis of compounds.
• Computational approaches to design molecules that interact in specific ways with other
molecules (e.g. drug design and catalysis).

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分子模拟过程
一般包括以下三个过程：
• 选择方法：一般采用量子力学或分子力学。计算体系中各种排布
的能量，并能得到系统能量随原子分子位置改变的相应变化
• 计算：如能量最小化，MD或Monte Carlo模拟，构象搜索等等
• 分析：计算结果的分析，不仅分析所得到的性质，而且要判断其
合理性。

分子模拟的应用
• 可以预测尚未合成的化合物的性质 制药、材料
• 可用于更全面地了解分子的性质 生命科学
• 最终目的是设计
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分子模拟(计算化学)计算—基于量子化学
 化学反应过程(稳态及过渡态结构确定、反应热、反应能垒、反应
机理及反应动力学等)
 化合物稳态结构（如中性分子、自由基、阴、阳离子等）
 谱图验证及预测(IR, Raman, NMR, UV/Vis, VCD, ROA, ECD,
ORD, XPS, EPR, Franck-Condon及超精细光谱等)
 分子各种性质(静电势、偶极矩、布居数、轨道特性、键级、电荷、
极化率、电子亲和能、电离势、自旋密度、电子转移、手性)
 热力学分析(S、 H、 G、键能、原子化能)
 分子间相互作用(如氢键及范德华作用)
 激发态(激发态结构确定、激发能、跃迁偶极矩、荧光光谱、磷光
光谱、势能面交叉研究)
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一般分子模拟软件所具有的的功能

 建立和显示分子结构
 优化分子构型
 研究分子的反应性(如从轨道能量、组合系数、节点性质等根据前
线轨道理论研究分子不同取代基的相对反应性、反应选择性以及
亲核、亲电试剂的反应位置等)
 计算显示分子轨道、电荷分布、静电势图等
 估计化学反应途径和机理
 研究分子的动态性质
 研究分子的结构-性质(活性)关系(QSPR/QSAR)

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1998年诺贝尔化学奖

科恩(1923-2016, Walter Kohn)

因发展密度泛函理论
DFT方法是当今最为常用的量子化学方法之一。它比基于波函数的一些现代方
法更简单，所以可用于大分子计算。目前，可以用来处理几百个原子的体系。
DFT已引起量子化学的第二次革命，没有Kohn的先驱性工作这是决不可能的

波普尔(1925-2004, John Anthony Pople)

因发展量子化学的计算方法
30年前，量子化学的努力被许多化学家嘲笑为无用的事情，影响很小。当今已
完全不同了，毫无疑问，人们已认识到了量子化学的用处和巨大威力。这种突
破是最近一二十年化学中最主要的发展之一。在这些做出突破贡献的众多科学
家中，Pople是最重要和取决定性作用的代表。Pople已成为大师级创造者，他
使化学家采用量子化学方法连同他们的实验仪器作为日常工具成为可能

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 2013年诺贝尔化学奖
for the development of multiscale models for complex chemical systems

Martin Karplus Michael Levitt Arieh Warshel

(1930-) (1947-) (1940-)

Chemists used to create models of molecules using plastic balls and sticks.
Today, the modelling is carried out in computers. In the 1970s, Martin
Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel laid the foundation for the
powerful programs that are used to understand and predict chemical
processes. Computer models mirroring real life have become crucial for most
advances made in chemistry today.
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 §1.2 分子模拟研究现状
计算机的发展—硬件背景
计算机的硬件和其他技术高速发展 Knights Landing Xeon Phi
>3TFlops
CPU能力 GPU技术
多核技术 并行技术

计算速度高速增长 Tesla K80 8.74TFlops v.s.

Blue Gene/L 135.58.74TFlops
xeon Platinum 9282 56核

大量原来无法想象的计算可以轻易完成
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 CM-5/1024 Fujitsu Numerical ASCI Red ASCI White
At Los Alamos Wind Tunnel 1997.6~2000.10 2000.11~2002.5
1993.06 1993.11~1997.5

曾 经 的 Top 1

The Earth Simulator Blue Gene/L IBM Roadrunner Jaguar

2002.6~2004.10 2004.11~2008.10 2008.11~2009.10 2009.11~2010.10
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 Tianhe-1A K computer Sequoia - BlueGene/Q Titan
2010.10~2011.5 2011.6~2012.5 2012.6-2012.10 2012.11~2013.5

曾 经 的 Top 1

Tianhe-2 Sunway TaihuLight Summit

2013.6~2016.6 2016.6~2017.11 2018.6~

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 曾 经 的 Top 1
List System Vendor Total Cores Rmax(TFs) Power (kW)
06/1993 CM-5/1024 Thinking Machines Corp. 1024 0.060
11/1993 Numerical Wind Tunnel Fujitsu 140 0.192
6/1997 ASCI Red Intel 9632 2.379
11/2000 ASCI White, IBM 8192 7.304
06/2002 Earth-Simulator NEC 5120 35.860 3200
11/2004 Blue Gene/L IBM 212992 478.200
11/2008 Roadrunner IBM 129600 1105.000 2483
11/2009 Jaguar Cray Inc. 224162 1759.000 6950
11/2010 Tianhe-1A NUDT 186368 2566.000 4040
11/2011 K computer Fujitsu 705024 10510.000 12660
06/2012 Sequoia IBM 1572864 16324.800 7890
11/2012 Titan Cray Inc 560640 17590.000 8209
06/2013 Tianhe-2 NUDT 3120000 33862.700 17808
06/2016 Sunway NRCPC 10649600 93104.594 15371
06/2018 Summit IBM 2282544 148600.000 9783
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 10
Performance Development
10
9
10
8
10
Performance(GFlop/s)

7
10
6
10
5
10
4
10
3
10
2
No.500
10 No.1
1 Sum
10
0
10
-1
10
1995 2000 2005 2010 2015 2020
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 54th TOP10 November 2019
Rmax
Rank Name Man. Country Total Cores Power
(TFlop/s)
1 Summit IBM USA 2397824 148600 9783
2 Sierra IBM USA 1572480 94640 7438.28
3 Sunway NRCPC China 10649600 93015 15371
4 Tianhe-2A NUDT China 61444.5 61445 18482
5 Frontera Dell EMC USA 448448 23516
6 Piz Daint Cray Inc. Switzerland 387872 21230 2384.24
7 Trinity Cray Inc. USA 979072 20159 7578.1
8 ABCI Fujitsu Japan 391680 19880 1649
9 SuperMUC-NG Lenovo Germany 305856 19477
10 Lassen IBM USA 288288 18200

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 November 2019 TOP500
Rank Name Site year Segment
3 神威-太湖之光 国家超级计算无锡中心 2016 Research
4 天河-2A 国家超级计算广州中心 2018 Research
Advanced Computing
48 2018
System(PreE) Sugon Vendor
75 Service Provider T 2019 Industry
81 Service Provider T 2019 Industry
83 Service Provider T 2019 Industry
91 Service Provider T 2019 Industry
92 Goverment 2019 Goverment
98 Service Provider T 2019 Industry
101 天河-1A 国家超级计算天津中心 2010 Research

中国有227台超级计算机入围
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 “南开之星” 800个Xeon 3.06G CPU, 400个节点，实测计算能力最
终达到了3.231万亿次，实测效率达到68.74%
Top 20(预测)
Top 42(2004.6)
Top 61(2004.11)
Top 135(2005.11)
Top 235 (2006.6)
Top 348 (2006.11)
跌出Top500
(2007.11 第500名 5.93万亿)
(2008.11 第500名 12.60万亿)
(2009.11 第500名 20.051万亿)
(2012.11第500名 76.4万亿)
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计算机的发展—软件背景

• 软件的发展→使用户勿需具备高深的理论知识，只要
有一般的计算机应用能力，就可以很容易地完成许多
计算化学的简单工作
• 计算机的发展→热门方向→大量的化学和生命科学工
作者进入该领域，希望应用现代的计算化学技术来辅
助、指导他们的研究工作

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研究内容

• 理论化学: 主要致力计算化学方法的研究，需要对某个
范围内的理论问题具有精深的理解，同时还需要有相当
的数学和计算机编程能力
• 应用计算: 应用已成熟的理论、方法和编写好的软件进
行具体体系的研究,需要对所研究的具体领域熟悉

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§1.3 本课程目标
• 了解分子模拟(主要是计算化学)的主要方法和基本概念
• 读懂相关领域的文献
• 了解常见的分子模拟软件使用
• 掌握基本的计算化学研究思路和方法
• 了解分子模拟能干什么，我们可以作那些工作，作到什
么精度，为在自己的研究领域开展分子模拟方面的研究
打一个基础
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 C. 量子力学计算
§1.4 课程内容 • 单点能计算
A. 计算化学基础知识 • 构型优化及过渡态搜寻
• 分子构建 • 频率分析
• 势能面 • 热力学性质
• 构型优化与构象搜索 • 高精度计算
• 化学反应及反应性
B. 量子力学模型
• 如何确立计算研究计划
• 背景知识
• Hatree-Fock自洽场(SCF)方法 D. 分子力学
• 从头算Hartree-Fock方法 • 分子力学基本理论
• 电子相关(correlation) • 力场
• 半经验方法 • 分子力学计算
• HyperChem软件使用
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E. 分子动力学和Monte Carlo模拟简介
• 分子动力学基础
• 分子动力学构象搜索
• Monte Carlo模拟
F. 分子模拟在药物设计中的应用
• 药物研发过程与分子模拟的应用
• 量化计算方法的应用
• 定量构效关系
• 直接药物设计
• 间接药物设计

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 §1.5 常用分子模拟软件
• Gaussian 03 GaussView 3.x, 4.x
• Gaussian 09 Gauss View 5.x
• Gaussian 16 Gauss View 6.x

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• HyperChem Professional 8.0.10
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• ChemBioOffice Ultra 14.0 Suit

• GAMESS ver. Sept 30, 2017Free
http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/

• PC GAMESS/Firefly version 8.2.0

http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html

• NWChem 6.8 Free

http://www.nwchem-sw.org

• Materials Studio 图形计算平台，密度泛函，分子，溶剂，材料

• Insight II 图形计算平台，生物分子
• Schrödinger Suite 图形计算平台
• SYBYL 图形计算平台

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GROMACS 2018.3 Free TINKER 8.5.3 Free
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AMBER 18
http://ambermd.org/ NAMD 2.13 Free
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
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ADF密度泛函，分子，溶剂，周期体系，相对论，图形用户界面
AIM2000 分子中的原子，图形用户界面
AMPAC 半经验方法，图形用户界面
ArgusLab 从头计算，半经验方法，分子力学，图形用户界面
CHARMM 分子力学，蒙特卡罗
CRYSTAL 从头计算，密度泛函，周期体系
DMol 密度泛函，分子，周期体系
Jaguar 从头计算，密度泛函，分子，溶剂
MOLPRO 从头计算，密度泛函
PCMODEL 半经验方法，分子力学，图形用户界面
PyMol 分子模型显示
Q-Chem 从头计算，密度泛函，分子，溶剂
Spartan 从头计算，密度泛函，半经验方法，
蒙特卡罗，分子力学，图形用户界面，分子，溶剂
VASP (VAMP) 密度泛函，分子动力学，赝势，平面波，材料
Discovery Studio QSAR，图形用户界面
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§1.6 学习要求
选课学生应具备下面的条件：
• 对分子模拟领域感兴趣，希望了解此方面研究；
• 具有较好的结构化学基础和计算机应用能力
• 有微机供练习用，且保证上机计算时间
课程要求：
• 重视基本概念的了解和实际应用能力的培养，淡化理论
推导和数学。
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 §1.7 参考书
1. A. R. Leach, Molecular Modeling: Principle and Application 2nd Ed. , Addison
Wesley Longman Ltd(2001)
2. D. C. Young, Computational Chemistry, A Practical Guide for Applying Techniques
to Real-World Problems, John Wiley & Sons, Inc.(2001)

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3. J.B.Foresman and Æleen Frisch, Exploring Chemistry with Electronic Structure
Methods Gaussian Inc.(1995)
4. HyperChem Computational Chemistry Hypercube Inc(1996)
5. C.J.Cramer, Essential of Computational Chemistry,Theories and Models, John
Wiley & Sons, Ltd.(2002)
6. Donald W. Rogers, Computational Chemistry Using the PC 3rd Ed. John Wiley
& Sons, Inc.(2003 )

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7. Errol Lewars, Computational Chemistry : Intruduction to the Theory and
Applications of Molecular and Quantum Mechanics, Kluwer Academic
Publishers(2004)
8. K.I. Ramachandran, G.Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and
Molecular Modeling : Principles and Applications, Spinger(2008)
9. Lucjan Piela, Ideas of Quantum Chemistry, Elsevier(2007)
10. 陈凯先、蒋华良、嵇汝运主编，《计算机辅助药物设计—原理、方法及
应用》上海科学技术出版社，2000

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§1.8 考试内容
平时作业
期末考试
• 名词解释
• 写Gaussian 输入文件
• 解读Gaussian 输出文件
• 计算任务设计
• 文献阅读

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