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« Raoultella » : différence entre les versions

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{{Taxobox début | bactérie | ''Raoultella'' | Raoultella planticola Standard I colonies 97.jpg | Culture de ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'', dans une [[boîte de Petri]], sur [[milieu de culture]] standard ([[gélose nutritive]]). | classification=CatalogueofLife }}
{{Taxobox début | bactérie | ''Raoultella'' | Raoultella planticola Standard I colonies 97.jpg | Culture de ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'', dans une [[boîte de Petri]], sur [[milieu de culture]] standard ([[gélose nutritive]]). | classification=CatalogueofLife }}
{{Taxobox | embranchement | Proteobacteria }}
{{Taxobox | embranchement | Proteobacteria }}
{{Taxobox | classe | Gammaproteobacteria }}
{{Taxobox | classe | Gammaproteobacteria }}
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[[Fichier:Raoultella planticola MacConkey colonies 32.jpg|vignette|''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'' sur [[gélose MacConkey]], montrant un résultat positif (le microorganisme a la capacité de dégrader le lactose, ce qui est détecté par l'indicateur de pH rouge neutre). La technique de l'[[isolement (microbiologie)|isolement]] se fait en utilisant 13 stries.]]
[[Fichier:Raoultella planticola MacConkey colonies 32.jpg|vignette|''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'' sur [[gélose MacConkey]], montrant un résultat positif (le microorganisme a la capacité de dégrader le lactose, ce qui est détecté par l'indicateur de pH rouge neutre). La technique de l'[[isolement (microbiologie)|isolement]] se fait en utilisant 13 stries.]]



'''''Raoultella''''' est un [[Genre (biologie)|genre]] de [[Proteobacteria|protéobactéries]] de la [[Famille (biologie)|famille]] des ''[[Enterobacteriaceae]]''<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN"/>{{,}}<ref name="RaoultellaEDLV">{{lien web |titre=Raoultella |url=https://eol.org/pages/97426 |site=[[Encyclopédie de la Vie]]| langue=en |consulté le=2021-09-20|archive-url= https://web.archive.org/web/20210209180801/https://eol.org/pages/97426 |archive-date= 2021-02-09}}.</ref>. Depuis sa description en 2001, plusieurs analyses phylogénétiques robustes ont montré que les espèces placées dans ce genre sont nichées au sein du genre ''[[Klebsiella]]'', indiquant que ''Raoultella'' devrait être abandonné et considéré comme synonyme junior de ''Klebsiella''<ref name="Hudson"/>{{,}}<ref>{{Bibliographie|Q89702060}}</ref>{{,}}<ref name="Ma2021"/>{{,}}<ref>{{Bibliographie|Q108866689}}</ref>{{,}}<ref>{{Bibliographie|Q104798151}}</ref>.
'''''Raoultella''''' est un [[Genre (biologie)|genre]] de [[bactérie]]s de la [[Famille (biologie)|famille]] des ''[[Enterobacteriaceae]]'' et de la classe [[Gammaproteobacteria|gamma-protéobactéries]]. Ubiquitaires dans l'environnement naturel, ces bactéries sont également des [[pathogènes]] [[Maladie opportuniste|opportunistes]] ou [[Maladie émergente|émergents]]. Le genre ''Raoultella'' est très proche du genre ''[[Klebsiella]]'' dont il a été séparé en 2001 et sa classification reste débattue au sein de la communauté scientifique.


== Description ==
== Description ==
Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets [[Gram négatif|gram négatifs]], [[Recherche de l'oxydase|oxydase]] négatifs, [[Aérobie|aérobiques]], non [[Motilité|motiles]], [[Capsule (bactériologie)|capsulés]].
Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets [[Gram négatif|gram négatifs]], [[Recherche de l'oxydase|oxydase]] négatifs, [[Aérobie]]s et anaérobies facultatives, non [[Motilité|motiles]], [[Capsule (bactériologie)|capsulés]].


Dans les infections humaines, les espèces de ''Raoultella'' sont généralement sensibles au traitement par les [[carbapénème]]s<ref>{{article|nom1=Sêkowska|prénom1=Alicja|nom2=Bogiel|prénom2=Tomasz|nom3=Woźniak|prénom3=Marcin|nom4=Gospodarek-Komkowska|prénom4=Eugenia|date=2020-02-01|titre=Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms|journal=Journal of Medical Microbiology|langue=en|volume=69|numéro=2|pages=233–238|doi=10.1099/jmm.0.001150|pmid=31971501|issn=0022-2615|doi-access=free}}</ref>.
Dans les infections humaines, les espèces de ''Raoultella'' sont généralement sensibles au traitement par les [[carbapénème]]s<ref>{{article|nom1=Sêkowska |prénom1=Alicja |nom2=Bogiel |prénom2=Tomasz |nom3=Woźniak |prénom3=Marcin |nom4=Gospodarek-Komkowska |prénom4=Eugenia |date=01-02-2020 |titre=Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms |journal=Journal of Medical Microbiology |langue=en |volume=69 |numéro=2 |pages=233–238 |doi=10.1099/jmm.0.001150 |pmid=31971501 |issn=0022-2615 |doi-access=free}}</ref>.


== Habitat ==
== Historique ==
De nombreuses études ont montré que le genre ''Klebsiella'' était polyphylétique et de ce fait a subi de nombreuses modifications taxonomiques{{sfn|Octavia|Lan|2014|p=235|id=Prok}}. En {{date|2001}}, Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'[[hôpital de la Timone]] décrivent le genre ''Raoultella'' en y plaçant trois espèces du genre ''Klebsiella'' sur des critères phylogénétiques, biochimiques et phénotypiques<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN"/>{{,}}<ref name="RaoultellaEDLV">{{lien web |titre=Raoultella |url=https://eol.org/pages/97426 |site=[[Encyclopédie de la Vie]]| langue=en |consulté le=2021-09-20|archive-url= https://web.archive.org/web/20210209180801/https://eol.org/pages/97426 |archive-date= 2021-02-09}}</ref>.
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Les [[Habitat (écologie)|habitats]] naturels des représentants du genre sont les [[Étendue d'eau|plans d'eau]], le [[Sol (pédologie)|sol]] et les [[plante]]s.

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Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'', dont l'[[épithète spécifique]] ''planticola'' signifie {{citation|habitant des plantes}}<ref name="SpeciesRaoultellaPlanticolaLPSN">{{lien web |titre=Species Raoultella planticola |url=https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-planticola |site=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] | langue=en |consulté le=2021-10-12|archive-url= https://web.archive.org/web/20200804120143/https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-planticola |archive-date= 2020-08-04}}.</ref>.
== Taxonomie ==


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Lors de sa description, le nom du genre ''Raoultella'' a été dédié au [[bactériologiste]] français [[Didier Raoult]]<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="Drancourt">{{Bibliographie|Q33951893}}</ref>. En 2014, une nouvelle espèce de [[bactérie]]s est isolée et caractérisée comme appartenant au genre ''Raoultella''. Elle est nommée ''R. electrica''<ref name="Kimura" />.
== Systématique ==
=== Taxinomie ===
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Le genre est décrit par Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'[[hôpital de la Timone]], en 2001. Le nom de genre est dédié au [[bactériologiste]] français [[Didier Raoult]]<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="Drancourt">{{Bibliographie|Q33951893}}.</ref>. En 2014, une nouvelle espèce de [[bactérie]]s est isolée et caractérisée comme appartenant au genre ''Raoultella''. Elle est nommée ''R. electrica''<ref name="Kimura" />.


=== Analyses phylogénétiques ===
=== Phylogénies ===
{{pertinence section|date=octobre 2021}}
{{pertinence section|date=octobre 2021}}


En 2001, des analyses [[phylogénie|phylogénétiques]] d'[[espèce]]s du [[genre (biologie)|genre]] ''[[Klebsiella]]'', ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des ''[[Enterobacteriaceae]]'', et portant sur deux gènes (l'ARNr 16S et rpoB) semblent indiquer que le genre ''Klebsiella'' est hétérogène<ref name="Drancourt"/>. Ce genre est alors scindé en deux et le genre ''Raoultella'' créé. Les espèces ''K. ornithinolytica'', ''K. planticola'', ''K. trevisanii'' (synonyme de ''K. planticola'') et ''K. terrigena'' y sont alors placées par les descripteurs du genre.
En 2001, des analyses [[phylogénie|phylogénétiques]] d'[[espèce]]s du [[genre (biologie)|genre]] ''[[Klebsiella]]'', ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des ''[[Enterobacteriaceae]]'', et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) montrent que le genre ''Klebsiella'' est hétérogène<ref name="Drancourt"/>. Ce genre est alors scindé en deux et le genre ''Raoultella'' créé intégrant les espèces ''K. ornithinolytica'', ''K. planticola'', ''K. trevisanii'' (synonyme de ''K. planticola'') et ''K. terrigena''<ref name="Drancourt"/>.


En 2014, la pertinence du genre ''Raoultella'' est remise en question par une analyse [[phylogénie|phylogénétique]] des [[Klebsiella|klebsielles]] plus poussée, utilisant des génomes complets ({{unité|2,93|M[[paire de bases|pb]]}}) plutôt que deux gènes seulement. Cette analyse montre que ''R. ornithinolytica'' est nichée au milieu de l'[[arbre phylogénétique]] de klebsielles, sur une branche proche de ''K. oxytoca''. L'analyse conclut que le genre ''Raoultella'' devrait être abandonné<ref name="Hudson">{{Bibliographie|Q21132017}}.</ref>. La synonymie avec ''[[Klebsiella]]'' est explicitement demandée à nouveau par Ma {{et al.}} en 2021<ref name="Ma2021">{{Bibliographie|Q108677989}}.</ref>.
En 2014, une analyse [[phylogénie|phylogénétique]] des [[Klebsiella|klebsielles]] utilisant majoritairement des génomes incomplets (dont ceux de 2 souches de Raoultella) et quelques génomes complets uniquement pour les Klebsiella. Cette analyse montre que ''R. ornithinolytica'' est nichée au milieu de l'[[arbre phylogénétique]] de klebsielles, sur une branche proche de ''K. oxytoca''. Malgré l'utilisation de seulement 2 genres différents (en plus de ''Klebsiella'' et ''Raoultella'') dans leur analyse conclut que le genre ''Raoultella'' devrait être abandonné<ref name="Hudson">{{Bibliographie|Q21132017}} La vérification des données montrent diverses erreurs dont la classification du génome B43 comme étant celui d'une ''Klebsiella'' alors qu'il s'agit d'une ''Raoultella''</ref>. La synonymie avec ''[[Klebsiella]]'' est explicitement demandée à nouveau par Ma {{et al.}} en 2021<ref name="Ma2021">{{Bibliographie|Q108677989}}.</ref>.


=== Liste d'espèces ===
=== Liste d'espèces ===
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* ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'' (Bagley {{et al.}}, 1982) Drancourt {{et al.}}, 2001 — souche : ATCC {{abréviation|33531<sup>T</sup>|souche type}}<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="SpeciesRaoultellaPlanticolaLPSN" />{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaNCBI">{{lien web |titre=''Raoultella planticola'' |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=575&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |site=[[National Center for Biotechnology Information]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105100704/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=575&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock= |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaATCC">{{lien web |titre=''Raoultella planticola (Bagley et al.) Drancourt et al.'' |url=https://www.atcc.org/products/31900 |site=[[American Type Culture Collection]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105114232/https://www.atcc.org/products/31900 |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaEOL">{{lien web |titre=''Raoultella planticola'' |url=https://eol.org/pages/972639 |site=[[Encyclopédie de la Vie]] | langue=en |consulté le=2021-11-07|archive-url= https://web.archive.org/web/20211107081400/https://eol.org/pages/972639 |archive-date= 2021-11-07}}.</ref>
* ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'' (Bagley {{et al.}}, 1982) Drancourt {{et al.}}, 2001 — souche : ATCC {{abréviation|33531<sup>T</sup>|souche type}}<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="SpeciesRaoultellaPlanticolaLPSN" />{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaNCBI">{{lien web |titre=''Raoultella planticola'' |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=575&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |site=[[National Center for Biotechnology Information]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105100704/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=575&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock= |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaATCC">{{lien web |titre=''Raoultella planticola (Bagley et al.) Drancourt et al.'' |url=https://www.atcc.org/products/31900 |site=[[American Type Culture Collection]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105114232/https://www.atcc.org/products/31900 |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaPlanticolaEOL">{{lien web |titre=''Raoultella planticola'' |url=https://eol.org/pages/972639 |site=[[Encyclopédie de la Vie]] | langue=en |consulté le=2021-11-07|archive-url= https://web.archive.org/web/20211107081400/https://eol.org/pages/972639 |archive-date= 2021-11-07}}.</ref>
* ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella terrigena|fr=Raoultella terrigena|texte=Raoultella terrigena}}'' (Izard {{et al.}}, 1981) Drancourt {{et al.}}, 2001 — souche : ATCC {{abréviation|33257<sup>T</sup>|souche type}}<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaLPSN">{{lien web |titre=Species Raoultella terrigena |url=https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-terrigena |site=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211019034810/https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-terrigena |archive-date= 2021-10-19}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaNCBI">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena'' |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=577&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |site=[[National Center for Biotechnology Information]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105100958/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=577&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock= |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaATCC">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena (Izard et al.) Drancourt et al.'' |url=https://www.atcc.org/products/31900 |site=[[American Type Culture Collection]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105114523/https://www.atcc.org/products/55553 |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaEOL">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena'' |url=https://eol.org/pages/972641 |site=[[Encyclopédie de la Vie]] | langue=en |consulté le=2021-11-07|archive-url= https://web.archive.org/web/20211107081532/https://eol.org/pages/972641 |archive-date= 2021-11-07}}.</ref>
* ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella terrigena|fr=Raoultella terrigena|texte=Raoultella terrigena}}'' (Izard {{et al.}}, 1981) Drancourt {{et al.}}, 2001 — souche : ATCC {{abréviation|33257<sup>T</sup>|souche type}}<ref name="Drancourt" />{{,}}<ref name="RaoultellaLPSN" />{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaLPSN">{{lien web |titre=Species Raoultella terrigena |url=https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-terrigena |site=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211019034810/https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-terrigena |archive-date= 2021-10-19}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaNCBI">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena'' |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=577&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |site=[[National Center for Biotechnology Information]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105100958/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=577&lvl=3&p=has_linkout&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock= |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaATCC">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena (Izard et al.) Drancourt et al.'' |url=https://www.atcc.org/products/31900 |site=[[American Type Culture Collection]] | langue=en |consulté le=2021-11-05|archive-url= https://web.archive.org/web/20211105114523/https://www.atcc.org/products/55553 |archive-date= 2021-11-05}}.</ref>{{,}}<ref name="RaoultellaTerrigenaEOL">{{lien web |titre=''Raoultella terrigena'' |url=https://eol.org/pages/972641 |site=[[Encyclopédie de la Vie]] | langue=en |consulté le=2021-11-07|archive-url= https://web.archive.org/web/20211107081532/https://eol.org/pages/972641 |archive-date= 2021-11-07}}.</ref>
== Habitat ==
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Les [[Habitat (écologie)|habitats]] naturels des représentants du genre sont les [[Étendue d'eau|plans d'eau]], le [[Sol (pédologie)|sol]] et les [[plante]]s.
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Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce ''{{Lien|langue=en|trad=Raoultella planticola|fr=Raoultella planticola|texte=Raoultella planticola}}'', dont l'[[épithète spécifique]] ''planticola'' signifie {{citation|habitant des plantes}}<ref name="SpeciesRaoultellaPlanticolaLPSN">{{lien web |titre=Species Raoultella planticola |url=https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-planticola |site=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] | langue=en |consulté le=2021-10-12|archive-url= https://web.archive.org/web/20200804120143/https://lpsn.dsmz.de/species/raoultella-planticola |archive-date= 2020-08-04}}.</ref>.

== Pathogénie ==


== Voir aussi ==
== Voir aussi ==
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=== Articles connexes ===
=== Articles connexes ===
*''[[Klebsiella]]''
*''[[Klebsiella]]''

*[[Nomenclature bactérienne]]
*[[Nomenclature bactérienne]]


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* {{ouvrage |prénom1=Don J. |nom1=Brenner |prénom2=Noel R. |nom2=Krieg |prénom3=James T. |nom3=Staley |prénom4=George M. |nom4=Garrity |prénom5=David R. |nom5=Boone |prénom6=Paul |nom6=De Vos |prénom7=Michael |nom7=Goodfellow |prénom8=Fred A. |nom8=Rainey |prénom9=Karl-Heinz |nom9=Schleifer |titre={{lien|langue=en|trad=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology|fr=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology|texte=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology}} |édition=Second edition |volume=2 |titre volume=Part B The Gammaproteobacteria |année=2005 |éditeur=[[Springer Publishing|Springer]] |lieu=Boston |pages totales=304 |isbn=9780387280226 |id=BergV2B}}
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Version du 9 novembre 2021 à 03:43

Raoultella
Description de cette image, également commentée ci-après
Culture de Raoultella planticola, dans une boîte de Petri, sur milieu de culture standard (gélose nutritive).
Classification Catalogue of Life
Domaine Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae

Genre

Raoultella
Drancourt et al., 2001
Raoultella planticola sur gélose MacConkey, montrant un résultat positif (le microorganisme a la capacité de dégrader le lactose, ce qui est détecté par l'indicateur de pH rouge neutre). La technique de l'isolement se fait en utilisant 13 stries.


Raoultella est un genre de bactéries de la famille des Enterobacteriaceae et de la classe gamma-protéobactéries. Ubiquitaires dans l'environnement naturel, ces bactéries sont également des pathogènes opportunistes ou émergents. Le genre Raoultella est très proche du genre Klebsiella dont il a été séparé en 2001 et sa classification reste débattue au sein de la communauté scientifique.

Description

Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets gram négatifs, oxydase négatifs, Aérobies et anaérobies facultatives, non motiles, capsulés.

Dans les infections humaines, les espèces de Raoultella sont généralement sensibles au traitement par les carbapénèmes[1].

Historique

De nombreuses études ont montré que le genre Klebsiella était polyphylétique et de ce fait a subi de nombreuses modifications taxonomiques[2]. En , Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'hôpital de la Timone décrivent le genre Raoultella en y plaçant trois espèces du genre Klebsiella sur des critères phylogénétiques, biochimiques et phénotypiques[3],[4],[5].

Taxonomie

Lors de sa description, le nom du genre Raoultella a été dédié au bactériologiste français Didier Raoult[4],[3]. En 2014, une nouvelle espèce de bactéries est isolée et caractérisée comme appartenant au genre Raoultella. Elle est nommée R. electrica[6].

Phylogénies

La pertinence de cette section est remise en cause. Considérez son contenu avec précaution. Améliorez-le ou discutez-en, sachant que la pertinence encyclopédique d'une information se démontre essentiellement par des sources secondaires indépendantes et de qualité qui ont analysé la question. (octobre 2021)

En 2001, des analyses phylogénétiques d'espèces du genre Klebsiella, ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des Enterobacteriaceae, et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) montrent que le genre Klebsiella est hétérogène[3]. Ce genre est alors scindé en deux et le genre Raoultella créé intégrant les espèces K. ornithinolytica, K. planticola, K. trevisanii (synonyme de K. planticola) et K. terrigena[3].

En 2014, une analyse phylogénétique des klebsielles utilisant majoritairement des génomes incomplets (dont ceux de 2 souches de Raoultella) et quelques génomes complets uniquement pour les Klebsiella. Cette analyse montre que R. ornithinolytica est nichée au milieu de l'arbre phylogénétique de klebsielles, sur une branche proche de K. oxytoca. Malgré l'utilisation de seulement 2 genres différents (en plus de Klebsiella et Raoultella) dans leur analyse conclut que le genre Raoultella devrait être abandonné[7]. La synonymie avec Klebsiella est explicitement demandée à nouveau par Ma et al. en 2021[8].

Liste d'espèces

Bactérie Raoultella planticola
Bactérie Raoultella planticola dans un tube à essai.

Les espèces pour ce genre sont :

Habitat

Les habitats naturels des représentants du genre sont les plans d'eau, le sol et les plantes. Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce Raoultella planticola, dont l'épithète spécifique planticola signifie « habitant des plantes »[16].

Pathogénie

Voir aussi

Articles connexes

Bibliographie

  • Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria Part A Introductory Essays, Boston, Springer, , 304 p. (ISBN 9780387241432)
  • Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : Part B The Gammaproteobacteria, Boston, Springer, , 304 p. (ISBN 9780387280226)
  • George M. Garrity (éditeur en chef), Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall, « Part 5 - The Bacteria: Phylum Proteobacteria, Class Gammaproteobacteria », dans Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea, vol. 7, Michigan State University & NamesforLife, , 628 p. (lire en ligne [PDF]), p. 148-245
  • Sophie Octavia et Ruiting Lan, « The Family Enterobacteriaceae », dans The Prokaryotes Gammaproteobacteria, Springer,

Liens externes

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Ressources relatives au vivantVoir et modifier les données sur Wikidata :

Références

  1. ↑ (en) Alicja Sêkowska, Tomasz Bogiel, Marcin Woźniak et Eugenia Gospodarek-Komkowska, « Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms », Journal of Medical Microbiology, vol. 69, no 2,‎ , p. 233–238 (ISSN 0022-2615, PMID 31971501, DOI 10.1099/jmm.0.001150)
  2. ↑ Octavia et Lan 2014, p. 235.
  3. ↑ a b c d e f et g (en) Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, « Phylogenetic analyses of Klebsiella species delineate Klebsiella and Raoultella gen. nov., with description of Raoultella ornithinolytica comb. nov., Raoultella terrigena comb. nov. and Raoultella planticola comb. nov. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 51, no 3,‎ , p. 925-932 (ISSN 1466-5026 et 1466-5034, OCLC 807119723, PMID 11411716, DOI 10.1099/00207713-51-3-925).Voir et modifier les données sur Wikidata
  4. ↑ a b c d e et f (en) « Genus Raoultella » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  5. ↑ (en) « Raoultella » [archive du ], sur Encyclopédie de la Vie (consulté le )
  6. ↑ a et b (en) Zen-ichiro Kimura, Kyung Mi Chung, Hiroaki Itoh, Akira Hiraishi et Satoshi Okabe, « Raoultella electrica sp. nov., isolated from anodic biofilms of a glucose-fed microbial fuel cell », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 64, no 4,‎ , p. 1384-1388 (ISSN 1466-5026 et 1466-5034, OCLC 807119723, PMID 24449794, DOI 10.1099/IJS.0.058826-0).Voir et modifier les données sur Wikidata.
  7. ↑ (en) Corey M Hudson, Zachary W. Bent, Robert J. Meagher et Kelly P. Williams, « Resistance determinants and mobile genetic elements of an NDM-1-encoding Klebsiella pneumoniae strain », PLOS One, PLoS, vol. 9, no 6,‎ , e99209 (ISSN 1932-6203, OCLC 228234657, PMID 24905728, PMCID 4048246, DOI 10.1371/JOURNAL.PONE.0099209).Voir et modifier les données sur Wikidata La vérification des données montrent diverses erreurs dont la classification du génome B43 comme étant celui d'une Klebsiella alors qu'il s'agit d'une Raoultella
  8. ↑ (en) Yuanyuan Ma, Xiuqin Wu, Shuying Li, Lie Tang, Mingyue Chen et Qianli An, « Proposal for reunification of the genus Raoultella with the genus Klebsiella and reclassification of Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov. », Research in Microbiology, Elsevier, vol. 172, no 6,‎ , p. 103851 (ISSN 0923-2508 et 1769-7123, OCLC 476143244, DOI 10.1016/J.RESMIC.2021.103851).Voir et modifier les données sur Wikidata.
  9. ↑ (en) « Raoultella electrica – DSM 102253 », sur Leibniz Institute – DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (consulté le ).
  10. ↑ (en) « Species Raoultella electrica » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  11. ↑ (en) « Raoultella electrica » [archive du ], sur National Center for Biotechnology Information (consulté le ).
  12. ↑ (en) « Species Raoultella ornithinolytica » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  13. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica » [archive du ], sur National Center for Biotechnology Information (consulté le ).
  14. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica (Sakazaki et al.) Drancourt et al. » [archive du ], sur American Type Culture Collection (consulté le ).
  15. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica » [archive du ], sur Encyclopédie de la Vie (consulté le ).
  16. ↑ a et b (en) « Species Raoultella planticola » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  17. ↑ (en) « Raoultella planticola » [archive du ], sur National Center for Biotechnology Information (consulté le ).
  18. ↑ (en) « Raoultella planticola (Bagley et al.) Drancourt et al. » [archive du ], sur American Type Culture Collection (consulté le ).
  19. ↑ (en) « Raoultella planticola » [archive du ], sur Encyclopédie de la Vie (consulté le ).
  20. ↑ (en) « Species Raoultella terrigena » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  21. ↑ (en) « Raoultella terrigena » [archive du ], sur National Center for Biotechnology Information (consulté le ).
  22. ↑ (en) « Raoultella terrigena (Izard et al.) Drancourt et al. » [archive du ], sur American Type Culture Collection (consulté le ).
  23. ↑ (en) « Raoultella terrigena » [archive du ], sur Encyclopédie de la Vie (consulté le ).
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