Ferguson fu scelto come quarto assoluto nel Draft NFL 2006 dai New York Jets[1]. L'ultima volta che i Jets avevano usato la loro prima scelta per scegliere un offensive tackle era stato nel 1988, quando selezionarono Dave Cadigan da USC col numero 8[2].
Il 26 luglio 2006, Ferguson firmò un contratto quinquennale coi Jets simile a quello da 35 milioni di dollari firmato dalla quarta scelta assoluta del Draft NFL 2005, Cedric Benson, coi Chicago Bears[3]. Designato per essere il successore di Jason Fabini, Ferguson nelle prime cinque stagioni della carriera non ha saltato una sola partita come titolare. L'8 gennaio 2010, il tackle Miami DolphinsJake Long rinunciò al Pro Bowl per infortunio e Ferguson fu nominato suo sostituto. Anche nella stagione 2011, Ferguson fu convocato per il Pro Bowl, il suo terzo consecutivo. Nelle due stagioni successive continuò a partire sempre come titolare.
L'8 aprile 2016, Ferguson annunciò il proprio ritiro all'età di 32 anni dopo dieci stagioni in cui non saltò una sola partita, partendo sempre come titolare.
^(EN) 2006 National Football League Draft, Pro Football Hall of Fame. URL consultato il 23 settembre 2012 (archiviato dall'url originale il 3 ottobre 2012).