Discussion:Realm (virologie)

Titre

@Ariel Provost, @Boogie Boy, @GF38storic, @SenseiAC, @Spedona et @TED

Rappel de la dernière discussion restée au point mort : Projet:Biologie/Le_café_des_biologistes/Archives/Novembre-décembre_2021#Virus_:_royaumes_ou_domaines_?

Bonjour à tous, j'ai renommé cette page par le terme anglais realm car il n'y a pour l'instant pas de consensus. Il faudra en trouver un ou se contenter du terme anglais, pour le titre de cette page mais aussi pour nos RI et nos taxobox.

Visiblement trois traductions sont possibles : domaine, règne et royaume (si vous en voyez d'autres, je suis preneur).

C'est TED (d · c · b) qui a généralisé l'utilisation de « royaume » sur wp.fr mais n'a pas apporté de sources justifiant ce choix (pour l'instant à ma connaissance). Je n'en ai pas trouvé, à part Larousse qui précise que cette traduction est plutôt littéraire.

L'ICTV a construit une taxinomie des virus calquée sur celle des êtres vivants, en proposant les rangs Realm, Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species en tous points équivalents aux rangs classiques en biologie (en anglais : Domain, Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species, en français : Domaine, Règne, Phylum ou Embranchement, Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce) sauf (j'ignore pourquoi) pour le realm.

Reste à choisir comment traduire realm :

• si l'on choisi « royaume », il faut trouver des sources en français attestant de son usage en virologie comme traduction de realm. Je suis plutôt contre ce choix car il entraînera (et entraîne déjà) beaucoup de confusion avec le règne et/ou le kingdom ;
• si l'on choisi « règne » (source dans l'article), cela déjà entraînera (et entraîne déjà) beaucoup de confusion avec le règne et/ou le kingdom, d'autant plus qu'il faudra alors traduire différemment kingdom pour les virus alors qu'il est déjà traduit par « règne » pour les être vivants (même terme kingdom en anglais pour les virus et les êtres vivants (à l'origine regnum en latin), voir les listes ci-dessus, pas de raison donc de mettre des termes différents en français) ;
• si l'on choisi « domaine » (sources dans l'article), on est cohérent avec les autres langues latines (cf. https://www.wikidata.org/wiki/Q62075839 espagnol, portugais : dominio), on évite les confusions pointées ci-dessus, on est symétrique du Domaine (biologie).

Quels sont vos avis ?--74laprune (discuter) 3 août 2023 à 11:18 (CEST)

Au temps pour moi pour la réécriture, ça restait quand même assez flou et incohérent, notamment avec les nombreuses taxobox.

• royaume : Contre trop de confusions rapport à kingdom, ou sauf si il y a des sources. Au passage, un dictionnaire de traduction ne doit pas être une source. Larousse fait un article sur le mot realm, pas sur le rang taxinomique des virus.
• règne :  Neutre incohérences avec les terme du vivant
• domaine : Pour ça règle les problèmes et j'ai aussi trouvé cette source qui parle du domaine Ribovaria.

Par contre, il pourrait peut-être il y avoir une confusion avec le Domaine_protéique Cf ici et ici. par exemple. Il faudrait trouver d'autres sources. --Boogie Boy (discuter) 3 août 2023 à 12:40 (CEST)

• Sphère Pour comme utilisé par cette revue [1] et avec l'explication et le pourquoi "Sphère" est utilisé par rapport justement à la nouvelle nomenclature de la Taxonomie des Virus de l'ICTV. Cordialement --GF38storic (discuter) 3 août 2023 à 15:48 (CEST)

Je me réponds à moi-même mais il faut noter que l'ICTV avait clairement rejeté le terme de "Domaine" (en anglais Domain « The basal rank is called ‘realm’ in virus taxonomy, rather than ‘domain’ (as in other taxonomies), reflecting a complex interrelation between virus taxonomy and its counterparts for cellular organisms. » source. Cordialement GF38storic (discuter) 3 août 2023 à 16:33 (CEST)

 GF38storic : merci, heureusement que tu es là ! par contre le lien ne fonctionne pas et je n'arrive pas à lire la source. Pourrais-tu stp la redonner ?--74laprune (discuter) 3 août 2023 à 19:10 (CEST)

J'ai corrigé le lien, ça devrait marcher GF38storic (discuter) 3 août 2023 à 19:26 (CEST)

Sphère? Ça roule. Mais maintenant il va falloir m'enlever Samuel L. Jackson de la tête...

Par contre, mis à part la proposition de ce journal, je ne vois aucune trace d'utilisation pour l'instant. Y'en a-t-il quelquepart? --Boogie Boy (discuter) 3 août 2023 à 20:35 (CEST)

En fait, cette évolution de la Taxonomie de Virus est beaucoup trop récente et ensuite, il y a aussi le fait que l'ICTV a décidé depuis quelques années que seul l'anglais était la langue officielle de la classification des Virus, en gros un peu comme si même si un article est publié en français ou en chinois, s'il y a une classification dans cet article, les nouveaux noms tels que "Realm" doivent être utilisé en anglais... Ensuite on verra à l'usage et surveiller les thèses de virologie publiées en français. Il est probable que domaine soit utilisé par quelques non virologues. On verra à l'usage surtout. Cordialement GF38storic (discuter) 3 août 2023 à 20:43 (CEST)

Royaume : Pour Je suis obligé de changer d'avis sur le sujet, avis qui était sûrement biaisé par mes modifications qui était des erreurs.

Comme dit juste au-dessus le plus important c'est l'usage et je constate qu'une majorité semble utiliser royaume, ce qui me semble finalement logique. Pêle-mêle pour les sources : 1 ,2, 3, 4.

Le fait qu'il puisse entrainer une confusion par rapport à kingdom n'est que subjectif des traductions littérales, et l'équivalent de kingdom en biologie a toujours été règne pour regnum.

Règne serait clairement une erreur, car ce doit être logiquement l'équivalent de kingdom pour les même raisons.

L'utilisation de domaine semble rare. De plus il semble que le choix de realm à sa place ait été motivé par la volonté de se démarquer du vivant et de trouver un concept spécifique comme expliquer dans la source pour sphère. Et comme déjà dit, il semble qu'en virologie on parle déjà beaucoup de domaine pour le domaine_protéique Cf ici et ici.

Sphère est séduisant et traduit bien ce concept tout en évitant la confusion avec kingdom, mais le problème c'est qu'il semble y en avoir aucune utilisation pour l'instant.

Devant respecter l'usage, il me semble clair qu'il faut continuer à utiliser royaume pour l'instant, tout en gardant les explications sur cette page.

D'ailleurs, il me semble qu'il serait judicieux de faire de cette page un article sur l'ensemble de ce ce nouveau système, d'autant que la confusion n'est pas que pour ce niveau mais aussi par rapport au règne/kingdom. --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 10:41 (CEST)

 Boogie Boy : contre « royaume » un recensement rapide sur google ne fait pas une source acceptée sur wikipédia. Les quatres sources que tu donnes pour « royaume » ont trouvé cette traduction sur wikipédia. (une preuve formelle en est l'utilisation de « type » [2] qu'on ne trouve que sur wp.fr et qui ne sort de nulle-part. Tu as fourni deux thèses algériennes et ce n'est malheureusement pas la première fois que je tombe sur des thèses algériennes se documentant sur wikipédia (toute xénophobie mise de côté). Àmha des universitaires d'expérience publiant leur proposition (étayée et justifiée) dans une revue scientifique internationale priment sur des thèses de doctorants débutants. Amicalement,--74laprune (discuter) 4 août 2023 à 10:57 (CEST)

Mais où sont les utilisations? Je dit moi-même que sphère est séduisant, mais ce serait mettre la charrue avant les bœufs il me semble. J'ai au passage pris soins de ne pas donner les sources dont tu parles à l'intérieur de l'article, mais deux thèses françaises.

GF38storic a dit on verra à l'usage et surveiller les thèses de virologie publiées en français. Il est probable que domaine soit utilisé par quelques non virologues. On verra à l'usage surtout.

Pour l'instant à l'usage, je ne vois aucune source de sphère et deux thèses pour royaume (rajout:certe, pas de virologie). --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 11:06 (CEST)

En fait malheureusement, wikipédia a une immense influence sur l'usage, et la charrue avant les boeufs on l'a fait beaucoup trop tôt, ainsi des thèses post-2021 (l'année où TED (d · c · b) a généralisé, sans justification à ma connaissance, l'utilisation sur wp de « royaume » pour les virus) utilisent « royaume », mais là nous avons des gens légitimes pour instituer le terme « sphère ». Enfin, deux contre un, ce n'est pas une majorité flagrante, et Google n'est pas une preuve absolue de l'usage réel d'un mot--74laprune (discuter) 4 août 2023 à 11:10 (CEST)

J'allais justement poser la question de l'origine de royaume sur Wikipédia, ça ne m'étonne pas que que ça a été fait sans source. ... malheureusement, wikipédia a une immense influence sur l'usage.. À qui le dis-tu! Je lutte souvent contre ça, notamment pour les noms vernaculaires.

Pourquoi pas pour sphère, mais il faudrait quand même rester sur le titre de realm pour l'instant il me semble, et expliquer que c'est une proposition. Trancher tout de suite ne serait-il pas aussi influencer l'usage? On devrait peut-être mettre realm aussi dans les taxobox.-Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 11:17 (CEST)

Pour ce qui est du titre de la page, je réitère ma proposition de transformer en un article sur le système en entier. Pourquoi ce niveau aurait un article et pas celui en-dessous tout aussi problématique? --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 13:06 (CEST)

Domaine Pour : Du coup mon avis final revient un peu à mon premier post. C'est la majorité des sources sérieuses pour l'instant. Et ça évite les problèmes de l'emploi de règne et royaume pour des niveaux différents (ce qui a été apparament inventé sur Wikipédia).
Je propose donc Domaine et Règne en-dessous (équivalent à kingdom comme en biologie, où royaume est aussi parfois utilisé).
(Si sphère doit s'imposer quelque part, c'est chez les spécialistes, pas sur Wikipédia.) --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 14:30 (CEST) PS : et Pour transformer la page en « Classification ICTV » (avec le titre que vous voulez).

 Boogie Boy : petit argumentaire

• nous sommes sur wp.fr, quand un terme francophone existe et est sourcé, il faut titrer en français plutôt qu'en anglais ;
• peu importe ce que l'on mettra dans nos taxobox (realm, royaume, sphère, règne ou domaine), il y aura toujours des doctorants pour faire du copier-coller sur wikipédia. En tout cas il n'y avait pas de source pour royaume avant que TED ne mette ça et il faut au moins changer royaume en autre chose ;
• le fait que ce soit une proposition est au contraire quelque-chose à relever : pour toutes les autres sources, les termes sont balancés sans aucune justification, source, proposition assumée, etc. Et toutes les publications scientifiques sont des propositions ! Il n'y a pas de dictature en recherche scientifique ! (à part un peu pour les conventions internationales mais c'est encore autre chose). À chaque fois qu'un article publie une nouvelle classification ou de nouveaux noms quels qu'ils soient, ce n'est jamais qu'une proposition ! qui peut être contredite par une nouvelle étude, etc.
• non, cet article est admissible, il existe dans les interwikis, il y a déjà une page Classification des virus et l'on peut peut-être écrire un article sur le rang du dessous, mais je pense que ça n'apportera que de la confusion. L'ICTV est clair : tous les rangs restent les mêmes que pour la taxinomie des êtres cellulaires, sauf le realm. Donc gardons l'usage de règne (kingdom en anglais) au sens des êtres cellulaires et des virus.
• je ne comprends pas pourquoi tu dis que « Si sphère doit s'imposer quelque part, c'est chez les spécialistes, pas sur Wikipédia. » où as-tu lu ça ? Wikipédia:Wikipédia est une encyclopédie#Encyclopédie généraliste et encyclopédie spécialisée ;
• « Le nombre de résultats bruts d'une requête ne peut que rarement, sans discussion, ni analyse, démontrer la notoriété. » (Wikipédia:Utilisation des moteurs de recherche) ;
• les thèses, en particulier les « miroirs de Wikipédia et ceux qui « oublient » de le préciser » (Wikipédia:Citez_vos_sources#Sources peu fiables), ne valent jamais les articles scientifiques publiés dans des revues internationales à grande diffusion, à comité de relecture pourvu de spécialistes (Wikipédia:Sources_fiables#Sources_fiables).

Je maintiens donc que je suis pour l'utilisation de sphère. @Ariel Provost, @GF38storic, @SenseiAC, @Spedona et @TED pourriez-vous aussi svp donner votre avis ? Amicalement,--74laprune (discuter) 4 août 2023 à 15:45 (CEST)

J'ai dû mal m'exprimer car je suis d'accord avec la majorité de ce que tu dis.

D'abord, comme tu le rapelles, tout ça est surtout le résultat de ce qui a été fait en 2021 sans source. Mon but maintenant est de faire en sorte de ne pas mettre sphère trop tôt car de mon point de vue et de ce qui était dit auparavant, je ne voyais juste qu'un article qui était une proposition et aucune autre utilisation. Merci pour ta nouvelle source au passage.

Donc, rapidement :

• Je ne veux pas titre en anglais puisque je propose de transformer en un article sur cette nouvelle classification ICTV.
• Oui il faut changer l'aberration de mettre royaume qui ne doit être qu'un synonyme de kingdom, on est tous d'accord là-dessus.
• Je n'ai jamais dit qu'il ne fallait pas parler de la proposition sphère. J'ai même failli commencer à rédiger un paragraphe en ce sens, mais je pensais que d'autres le ferait mieux que moi.
• Je n'ai jamais dit que cet article n'était pas admissible, je dis juste qu'il faudrait déjà commencer par faire un article sur la classification en elle-même. Classification des virus en parle à peine et il me semble que ça mérite un article à part vu la rupture autant sur le fond que sur la forme si j'ai bien compris.
• Pour ce qui est de sphère, j'ai oublié le mot d'abord. Il doit s'imposer d'abord chez les spécialistes avant de s'imposer sur Wikipédia. Encore une fois, à côté de domaine qui est utilisé dans Virologie (2022) et en majorité dans les thèses que je trouvais, je ne voyais sphère que dans cette article et nulle part ailleurs.
• Je ne cherchais des thèses que parce que je ne trouvais absolument rien d'autres, que comme ça a été évoqué ça semblait la seule chose sur laquelle se basé, même si c'est bien évidemment pas une source correct.
• Merci donc pour ta nouvelle source de Forterre pour sphère. --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 17:55 (CEST)

Bonjour à tous. @Boogie Boy, je suis globalement d'accord avec tout ce qu'a dit @74laprune et ce même si on trouve aussi une source francophone utilisant "realm" pour "realm" au milieu des autres termes français pour les autres taxons (« Cet ordre des Herpesvirales est lui-même classé au sein du Realm

Duplodnaviria, Règne Heuggongvirae, Embranchement Peploviricota, Classe Herviviricetes

selon l’EC51 meeting, 2019, Berlin, Allemagne Ratification, mars 2020 » in Gabrielle Sutton 18/05/2021). Que vous désiriez utiliser "domaine" ou autre chose, que vous vous fassiez vos corrections, ok. Sur Wikipédia, tout le monde peut modifier et/ou contribuer à un article. Par contre que vous ne mettiez pas Sphère me semble, dans ce cas complètement anormal car il s'agit, qu'on le veuille ou non, de la seule traduction et définition publiée en français dans un article scientifique. Toutes les autres propositions 'Domaine', Royaume", "Realm", "Règne" sont utilisés dans ces thèses sans aucune explication ou raisonnement ce qui implique une analyse du contributeur. Cordialement GF38storic (discuter) 4 août 2023 à 17:58 (CEST)

Bonjour  GF38storic et ravi d'avoir ton avis. Malheuresement j'ai l'impression qu'on a tous du mal à s'exprimer et à se comprendre.

Jamais personne n'a parler de ne pas mettre sphère. Je répète que j'ai failli rajouter un paragraphe moi-même.

Le problème est plus par rapport au choix du terme à utiliser dans les articles et dans les taxoboxs,et je continue de penser que ça semble trop tôt et qu'il faut « continuer » (sans prendre en compte le bazar qui a été fait avec royaume) à utiliser Domaine, comme je le voit dans Virologie (2022) et dans la majorité des thèses. --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 18:15 (CEST)

T'inquiètes pas @Boogie Boy, ya pas de soucis . Juste à titre d'info, j'ai posé la question à l'auteur de la proposition de "sphère" de Pro à Pro, on verra s'il me répond (mais ça ne changera rien au fait que sur Wikipédia on fonctionne avec des sources, je ne veux surtout pas en faire un avis d'autorité)--GF38storic (discuter) 4 août 2023 à 18:44 (CEST)

Exact, j'étais en train d'écrire que sur le fond, et pour répondre à  74laprune, nous sommes des encyclopédistes, et non pas des scientifiques ou des taxonomistes qui pourront eux suivre la proposition de Forterre si ils le souhaitent. De notre côté, nous devons regarder ce qui a été fait pour l'instant par ces derniers et jusque là on ne m'a donné qu'un seul article qui est également de Forterre. --Boogie Boy (discuter) 4 août 2023 à 18:54 (CEST)

PS : et effectivement ça ne sert à rien de rien de poser la question à Forterre, je ne vois pas le but. Ou alors il faut lui demander si il y a déjà des articles publiés qui utilisent sa proposition.

 Boogie Boy euh.... sauf que dans mon cas, je suis scientifique, je suis taxonomiste et depuis environ 25 ans mon nom est systématiquement présent dans le code de nomenclature des procaryotes. Le but de la question, c'est tout simplement pour moi. Un scientifique c'est jour et nuit qu'il doit apprendre. Cordialement.--GF38storic (discuter) 5 août 2023 à 00:03 (CEST)

 GF38storic Ça j'avais bien compris que tu étais un scientifique dans la vie. Mais sur Wikipédia, nous ne sommes tous que des encyclopédistes. Comme tu l'as bien dit, pas d'avis d'autorité.

Et moi aussi j'aurais douze mille questions à lui poser. Mais pas celle de savoir ce qu'on doit mettre pour realm. D'ailleurs, j'ai la vague intuition qu'il risque de te répondre sphère... --Boogie Boy (discuter) 5 août 2023 à 00:15 (CEST)

(Discussion au-dessus)
Petit inventaire de thèses de virologie/immunologie. C'est finalement domaine qui semble en majorité :

• Domaine : Driouich (2019), Denis (2020)), Droillard (2020) au-dessus de royaume, Ouoba (2021) au-dessus de royaume. (Autres spécialités : Delaplace (2022) au-dessus de royaume.) + Virologie (2022) (sous la direction de María Carla Saleh, professeure à l’Institut Pasteur et and Félix Augusto Rey. diplômé en biologie de l’Université Paris-Sud qui s’est spécialisé sur les virus à l’Université Harvard. .
  
• Règne : Flageul (2020), Rolland (2021), Parrochia (2021). (Autres spécialités :)
  
• Royaume (très probablement copié sur wikipédia, comme le prouve aussi par exemple l'utilisation d'« embranchement » au lieu de phylum) : (Autres spécialités : Mateo (2022), Boshi (2021).)
• Sphère : Forterre & Gaïa (2022), Forterre (2022)

Cause de l'incompréhension totale :
 74laprune GF38storic
OK, d'accord... Je viens seulement de me rendre compte avec le rétablissements des infos sur le nom de sphère qui était ce matin dans une section à part.
Je n'avais absolument pas vu cette section ! Je devais vraiment être mal réveillé car je pensais que le rétablissement que j'avais effectués à partir d'une ancienne version avaientt seulement enlevé des précisions sur les autres realms en intro qui n'étaientt pas sur la page avant, que je me suis empressé de remettre tout de suite. Je n'ai pas du tout vu cette nouvelle section et les infos sur Sphère! Jamais je ne l'aurais supprimée! Et de mon côté, j'avais ensuite du mal à comprendre pourquoi on me parlait « de ne rien mettre sur sphere ». Tout s'explique...
Et le comble c'est que de mon côté, je pensais même que les infos sur l'emploi de domaine et règne avait été supprimées !
Au temps pour moi.
Bonne nuit à vous dans d'oniriques sphères.

Bonjour @Ariel Provost, @Boogie Boy, @GF38storic, @SenseiAC, @Spedona et @TED (et aussi @A1AA1A, @Gaspy42, @Givet, @Hexasoft, @LD et @Nguyen Patrick VH qui peuvent être intéressés, pour augmenter le nombre de participants). Il reste toutes les pages liées à Royaume (virologie) et Sous-royaume à corriger (sur la page Modèle:Taxoboxoutils rang). Par quoi remplace-t-on ? sûrement pas règne du coup (cf. discussion ci-dessus), donc realm, domaine ou sphère ? realm est un terme anglais et inconnu pour un francophone alors qu'il existe des termes français sourcés. Il reste domaine qui redirigera vers Domaine (biologie) ce qui est inexact, les realms ne sont pas du tout les trois domaines du vivant (Bactéries, Archées et Eucaryotes). Ou alors il faudrait mettre un paramètre « domaine viral ». Mais ça fait deux articles portant le même nom, avec l'un où il est explicité que l'ICTV a choisi consciemment de pas prendre le terme domaine pour les virus... très peu pédagogue pour les lecteurs . Je persiste à préférer « sphère ». Une seule publication scientifique en français (elles se font toutes en anglais) est sortie en trois ans, tout le reste étant des thèses (et un ouvrage de vulgarisation) de doctorants débutants non spécialistes qui font leurs recherches sur wp. Les publications scientifiques sont plus fiables que les thèses et les ouvrages de vulgarisation. Il est trop tôt, pour attendre quoi ? que d'autres thésards mal avisés fassent augmenter (contre la nomenclature de l'ICTV) l'utilisation de « domaine » en copiant à tort wikipédia  ? À partir de combien de papiers utilisant « sphère » adoptons nous ce terme, sachant qu'il sort une publication francophone tous les trois ans ? Amicalement,--74laprune (discuter) 5 août 2023 à 11:53 (CEST)

Dans l'absolu, il suffirait d'une seule publication scientifique n'étant pas de Forterre.

Virologie n'est pas un ouvrage de vulgarisation ! Mais c'est juste qu'il est antérieur à la proposition de Forterre.

Une redirection de Domaine en taxobox vers Realm (biologie) n'implique pas un renommage de l'article.

Sur le fond il me semble que l'on devrait ne mettre que Realm pour l'instant, comme le fait Sutton (2021).

Maintenant, pourquoi pas Sphère, mais il me semble que ça ne respecte pas le principe encyclopédique et que ça risque d'avoir une influence. Mais j'ose espérer que si une publication choisie ce terme, ce ne sera pas par rapport à Wikipédia, donc je ne suis pas contre. --Boogie Boy (discuter) 5 août 2023 à 12:52 (CEST)

Bonjour.

• Realm est le moins surprenant avec Domaine (WP:PMS).
• Sphère est le moins neutre car c'est le point de vue le plus marginal et en-dehors de toute proportion raisonnable.

Quelles que soient les difficultés techniques ou les confusions, il y aura toujours une méthode pour faciliter la compréhension du lecteur (dans les taxobox, etc.). Ce n'est donc pas pour moi un argument suffisant. LD (d) 5 août 2023 à 14:20 (CEST)

 Boogie Boy et LD : OK pour realm alors. Attendons peut-être encore d'autres avis, ensuite il faudra remplacer toutes les occurrences de royaume par realm.--74laprune (discuter) 5 août 2023 à 14:56 (CEST)

Bonjour à tous, d'un pint de vue Taxonomiste, si on veut respecter les règles de nomenclature de l'ICTV (=pas de traduction) donc OK pour Realm. Cordialement GF38storic (discuter) 5 août 2023 à 15:37 (CEST)