Discussion modèle:Taxoboxoutils premier parent

Mise à jour

@LD (tu es l'admin le plus réactif que j'ai croisé et j'en profite ). Pourrais-tu, selon la même logique comme tu l'avais fait (diff) pour le changement domaine -> empire pour les algues, par soucis de fidélité aux sources, faire les modifs suivantes (j'ai copié-collé-modifié le code en-dessous) :

• l'objectif est que toutes les taxobox archea et bacteria suivent la classification LPSN or pour eux Archea et Bacteria sont des domaines mais pas des règnes : changement donc règne -> domaine
• l'objectif est que toutes les taxobox virus suivent la classification ICTV or pour eux virus n'est pas un taxon entrant dans leur classification ; de plus « type » sort de nulle-part, n'a jamais correspondu à rien, porte confusion avec le Type (biologie), et apparaît même maintenant à cause de wp dans des thèses de médecine se documentant sur wp (cf. la Discussion:Realm (virologie)) : changement donc {{Taxobox | type | Virus }} -> rien du tout

Pour info : @GF38storic, @DreZhsh, @Gaspy42 et @TED (inscrits actifs des projets virologie et microbiologie). Amicalement,--74laprune (discuter) 16 août 2023 à 18:54 (CEST)

re 74laprune, globalement logique, mais pour virus, c'est étrange d'avoir un paramètre sans valeur. Cela active une logique dans {{Taxobox début}}. Donc j'ai l'impression qu'on devrait soit mettre quelque chose, soit retirer la condition, mais pas faire un milieu. LD (d) 16 août 2023 à 19:14 (CEST)

@LD dans ce cas il faudrait retirer la condition. Mais cela ne va pas gêner pour la charte des taxobox qui donne la couleur virus (gris) ?--74laprune (discuter) 17 août 2023 à 11:24 (CEST)

@74laprune, tu as raison pour la charte.

Si je comprends bien, la virologie implique deux classifications :

• ICTV
• Baltimore

Sauf qu'elles ne s'opposeraient pas, elles se complèteraient.

Par type, on entendrait type d'acide nucléique donc à ARN, ADN, ... et on pourrait avoir un champ groupe et réplication virale (?).

Concrètement, l'idée serait d'arriver à quelque chose comme Utilisateur:LD/test 3 (à comparer avec le début de Retroviridae) ? ou mettre de côté Baltimore pour n'avoir que ICTV ?

Pour le moment, j'ai l'impression que cela réitère ces questions :

• Veut-on être exhaustif ? Mettre à jour Modèle:Taxobox & Modèle:Taxobox début pour inclure Baltimore ? Avoir une infobox dédiée ?

Une fois ces questions élucidées, la mise à jour de Taxoboxoutils premier parent sera plus simple. LD (d) 17 août 2023 à 18:12 (CEST)

 LD : je suis plutôt contre l'ajout de la classification Baltimore, à moins que celle-ci ne soit encore largement utilisée, que tous les taxons puissent y être classés (en réalité seulement quelques familles et genres visiblement) et qu'elle puisse être facilement sourcée/vérifiable (comme c'est le cas pour ICTV grâce à l'ancre et au modèle {{ICTV}}). De plus une taxobox est censée contenir des taxons or les groupes de Baltimore ne sont pas des taxons. Amicalement,--74laprune (discuter) 17 août 2023 à 18:38 (CEST)

Je suis loin d'être expert, mais ICTV semble inclure des éléments de la classification Baltimore sans tout absorbé :

• ex. 1 : Albetovirus, sa proposition : « After considering these arguments, the group concluded unanimously that the introduction of all existing Baltimore classes at the basal rank would be in conflict with major scientific findings (...) Then, the authors of this proposal considered ways to include conceptual elements of the Baltimore classification into virus taxonomy. »
• ex. 2 : Retroviridae, "moved" , « Riboviria: a virus is a member of this realm if encodes an RT or an RdRp », donc cela renvoie à ARN polymérase ARN-dépendante, soit aux groupes III à V de Baltimore

Effectivement, on ne peut pas parler de taxons, mais certains éléments semblent aussi importants que la synonymie ou les auteurs. Cela semble entrer dans le champ descriptif du taxon. De fait, ça me laisse perplexe sur ce qu'on doit envisager (compléter taxobox, si oui comment, ou avoir un modèle dédié aux virus). LD (d) 17 août 2023 à 19:13 (CEST)

 LD : (je ne suis pas non plus expert et de toute façon il n'y a actuellement aucun expert en virologie qui contribue sur wp) il est courant que les nouvelles classifications récupèrent quelques éléments des anciennes. Pour autant je ne vois pourquoi il nous faudrait des taxobox à rallonge qui récapitulent les anciennes classifications. Pour moi la plus récente suffit amplement. De plus la classification Baltimore ne pourrait s'appliquer qu'à certains taxons et pas aux nouveaux introduits par l'ICTV, pour lesquels persistera le problème du type. Au fait, quel est exactement le problème d'avoir un paramètre sans valeur ? @GF38storic qu'en penses-tu ? Amicalement,--74laprune (discuter) 18 août 2023 à 10:12 (CEST)

@74laprune une valeur vide ne pose pas de problème, mais je n'aime pas cette logique. Je préfèrerai avoir « non classé » ({{Taxobox | non classé | Virus }}).

Toutefois, ta suggestion implique de répondre à ces questions :

• suppression de « type » dans Modèle:Taxoboxoutils rang ?
• conservation de « royaume » ou renommage en « realm » dans Modèle:Taxoboxoutils rang ?
• « sous-royaume » a-t-il un intérêt ? serait-ce « subrealm » ?

LD (d) 18 août 2023 à 18:06 (CEST)

 LD : le « non-classé », j'avais fait une demande l'année dernière en ce sens que tu peux lire ici : Wikipédia:Demande_d'intervention_sur_une_page_protégée/Archives/22#Modèle:Taxoboxoutils_premier_parent_(d_·_h_·_j_·_↵), sauf que @TED m'a fait changer d'avis : ce serait du détournement de source d'affirmer que l'ICTV classe tous les virus dans un seul taxon « virus ». Oui pour « royaume », (c'était l'étape d'après que je prévoyais ), il faut en supprimer toutes les occurrences et remplacer par realm, idem « sous-royaume » par sous-realm (ou subrealm), en attendant que « sphère » (ou un autre terme français satisfaisant) soit admissible (rappel Discussion:Realm (virologie) ). Oui il faudra supprimer « type » dans Modèle:Taxoboxoutils rang, puisque ça n'a jamais été un rang. Amicalement,--74laprune (discuter) 18 août 2023 à 19:07 (CEST)

@74laprune. Je comprends ce que tu veux dire mais ICTV n'est pas la seule classification

J'ai appliqué ta proposition car cela ne changera pas la finalité.

Je m'explique :

Si ICTV ne reconnaît pas de taxon virus, j'ai envie de dire que c'est « son problème » car d'autres peuvent ou pourraient reconnaître que c'est un taxon, classé ou non classé.

Par exemple, si on suit COL, on a bien « unranked: Viruses » (Ex. Adnaviria ou Retroviridae). Dans ce cas, mettre {{Taxobox | non classé | Virus }} n'est pas détourner la source.

On pourra toujours avoir « non classé — Virus » si pertinent, mais en appelant {{Taxobox}} directement.

Dans les cas les plus complexes (pas que les virus), on peut toujours adopter « neutre » et avoir des résultats différents : Biota (avec COL) ou Prion (protéine) (avec BioLib). LD (d) 18 août 2023 à 20:08 (CEST)

Salut @74laprune et @LD, désolé de ne répondre que maintenant (long déplacement + panne sur au bout de 150 des 500 km...). Bref. J'ai parcouru la discussion et

• 1/ « classification LPSN or pour eux Archea et Bacteria sont des domaines mais pas des règnes : changement donc règne -> domaine » je suis bien sûr OK
• 2/ Pour les virus, même si je les manipule fréquemment (in silico et in vitro), la partie taxo (et même si je m'y intéresse obligatoirement pour le boulot) ne reste pas ma spécialité. Toujours est-il qu'il n'y pas de taxon défini pour "Virus" et pour une raison toute simple et que dit l'ICTV dans son code, c'est que lorsqu'ils parlent de virosphere et ils parlent tout le temps de virosphere (mais sans en faire un taxon), ils précisent que cela inclus les « viruses sensu stricto and the remaining replicator space of the virosphere (virus-like entities, such as satellite nucleic acids and viroids, and virus-derived elements, such as viriforms) » dans leur chapitre « 3. Rules of Classification and Nomenclature » et notamment les 3.1 à 3.4. Partant de ça, il n'y a pas un seul taxon mais plusieurs groupes qui n'ont pas de noms de taxons et qui sont assimiliés à "viruses" au sens large dans une virosphere n'étant pas un taxon. un peu un regroupement d'inclassables sans le dire. Donc de mon côté, que l'on mette rien " "=Virus ou virosphere, ou "non classé"=Virus ou virosphere là où on mettrait domaine=Bacteria me va très bien.

Cordialement GF38storic (discuter) 18 août 2023 à 23:10 (CEST)

Code

<includeonly>{{#ifeq:{{{règne|afficher}}}|cacher||{{#switch:{{{1}}}
| test = {{Taxobox | règne | Test }}
| algue = {{Taxobox | empire | Eukaryota }} <!-- Les algues ne sont pas un règne => il faut mettre le bon {{Taxobox | règne | ??? }} dans l'article -->
| animal = {{Taxobox | règne | Animal | Animalia }}
| archaea = {{Taxobox | domaine | Archaea }}
| bactérie = {{Taxobox | domaine | Eubacteria | Bacteria }}
| champignon = {{Taxobox | règne | Fungi }}
| protiste = {{Taxobox | domaine | Eukaryota }} <!-- Le règne protista n'est plus reconnu comme règne => il faut mettre le bon {{Taxobox | règne | ??? }} dans l'article -->
| végétal = {{Taxobox | règne | Plante | Plantae }}
| virus = <!-- l'ICTV ne regroupe pas tous les virus dans un seul taxon : il faut mettre le bon {{Taxobox | realm | ??? }} dans l'article -->
| neutre = {{Taxobox | règne | Neutre }}
| eucaryote = {{Taxobox | domaine | Eukaryota }}
| procaryote = {{Taxobox | domaine | Prokaryota }}
| {{Taxobox | règne | Règne à préciser | '''Règne à préciser''' }}{{#ifeq:{{NAMESPACE}}|{{ns:0}}|[[Catégorie:Article à taxobox à corriger|Ègne]]}}
}} }}</includeonly><noinclude>{{Documentation}}</noinclude>

Domaine protistes

Bonjour LD , pourrais-tu stp remplacer la ligne

| protiste = {{Taxobox | domaine | Eukaryota }} <!-- Le règne protista n'est plus reconnu comme règne => il faut mettre le bon {{Taxobox | règne | ??? }} dans l'article -->

par :

| protiste = <!-- Le règne protista n'est plus reconnu comme règne => il faut mettre le bon {{Taxobox | règne | ??? }} dans l'article -->

car nos sources utilisées (WoRMS,GBIF,IRMNG) pour les classifications des protistes ne mentionnent pas le domaine. Amicalement, 74laprune (discuter) 20 janvier 2024 à 11:57 (CET)

Salut @74laprune,

Je pourrais mais je me demande si on ne devrait pas catégoriser les protistes et les virus. Instinctivement je pense à Catégorie:Article à taxobox à corriger mais ça peut être une autre catégorie.

Ce qui me rend perplexe c'est l'utilisation de Biota, en tant que parent, de la part de IRNMG (ex. virus protiste) notamment. On pourrait légitimemnt attendre {{Taxobox | Super-domaine | Biota }} (([1], [2])) ou alors une catégorie pour potentiellement choisir une autre classification.

Cela dit, ce n'est pas systématique : Paleo, NBN, etc. fonctionnent différement donc au mieux on aurait {{Taxobox | '''à préciser''' | '''à préciser'''}}, une catégorie, sinon rien comme tu le proposes. LD (d) 20 janvier 2024 à 12:46 (CET)

 LD : je ne comprends pas à quelle catégorisation tu penses. Pour Biota, je ne crois pas que ce soit pertinent de l'ajouter, ou alors ce serait pour toutes les taxobox (y compris végétal, animal...) suivant les classifications IRMNG, WoRMS, CoL, etc. Amicalement, 74laprune (discuter) 20 janvier 2024 à 12:53 (CET)

@74laprune, si l'idée est d'avoir systématiquement un parent à chaque taxon (sauf Biota), alors c'est cohérent d'avoir Biota s'il est immédiatement supérieur ; sinon effectivement ça n'a pas vraiment d'intérêt.

Avoir Catégorie:Article à Taxobox sans parent me semble ok, pas forcément des articles à corriger mais à titre d'information. LD (d) 20 janvier 2024 à 13:12 (CET)

 LD : àmha l'idée n'est pas d'avoir systématiquement un parent à chaque taxon mais plutôt de sourcer nos classifications et d'être fidèles à ces sources. Je ne vois pas du coup l'intérêt d'une Catégorie:Article à Taxobox sans parent. Amicalement, 74laprune (discuter) 20 janvier 2024 à 14:22 (CET)