在職掌行使上強調其「依法獨立行使職權」的國家機關，有依據憲法及憲法增修條文的司法院、考試院及監察院（80年），也有依據法律規定的公平會（82年）、金管會（93年）及通傳會（95年）。此外，隨著社會的進步，許多政府機關被社會共識期待賦予高度獨立行使的職權，例如檢察官、檢察總長、主計處、主計長、中選會及中央銀行。對於此類機關，並未見到各國有統一的稱呼，原因很簡單，就是他們在其他面向是差異遠大於相同。在民進黨執政時代行政院提出的「中央政府機關組織基準法草案」，原本僅提描述性地到「機關依其權限及職掌之性質，應獨立超然行使職權，不受上級機關之指揮監督者，其組織以法律定之。」然而當時國民黨為多數的立法院為了抗拒「少數政府」，提出所謂「獨立機關」的上位概念，並加碼將之定義為：「指依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關。」試圖在行政院之下創造可以不受其指揮監督的機關。
民進黨的行政院不甘就範，接著在94年特別公布「獨立機關與行政院關係運作說明」，目的是給獨立機關穿小鞋： 1、獨立行使職權僅指在法律規定範圍內，排除上級機關在層級式行政體制下所為對具體個案決定之指揮與監督。故僅限於具體個案決定有所謂獨立行使職權可言，不包括政策決定領域。2、獨立機關依據法律主管之業務應以裁決性、調查性或管制性為主，不負責施政政策、產業輔導或獎勵等業務，若裁決性、調查性或管制性之個案決定涉及施政政策領域時，仍應與行政院各主管部會協調溝通，並接受行政院之政策決定。」此項沒有法律依據、照理說也沒有法律效力，而且完全欠缺國際制度比較及學理依據的「運作說明」，果然立即導致行政院與金管會、通傳會許多職權衝突。
在去年政黨輪替後，國民黨在行政立法全面獲勝，行政院及立法院本理應該攜手共同擘化中央政府機關的合理組織。行政院方面應該回歸基準法，依據行政一體的原則恢復與金管會及通傳會的正常關係。然而行政院幕僚惰性與慣性使然，政府繼續以「運作說明」來理解通傳會與金管會，並作為行政院組織再造的指導原則，以致於行政院一方面在目睹第二屆通傳會完全自行其是、退縮自閉（被譏為No Communication Commission）時，忌憚其為「獨立機關」而束手無策，而另一方面當金管會陳沖主委因為不願意金融政策權被剝奪而強力抗拒被歸類為獨立機關時，卻又技術性地引用第21條（獨立機關之首長、副首長及其合議制之成員，均由行政院長提名經立法院同意後任命）的規定，以金管會成員未經立法院同意為由，認定其不是「獨立機關」，以致形成明顯的矛盾，無法對外說明。
要化解此項矛盾其實不難。首先，要摘除前述「運作說明」這個白內障，回歸基準法。其次，跳脫「獨立機關」的謬思，放棄基準法使用的「獨立機關」一詞，因為：1、重點是獨立行使職權，而不是組織上的獨立，而獨立行使職權的機關比比皆是，甚至應該是各級行政機關的運作通則，在基準法並沒有特別創設「獨立機關」的必要。2、「獨立機關」給人其必須獨立於行政院之外、否則不獨立的錯覺，實則不然，在五權分立的憲政實務下，其仍然是屬於行政權的二級機關，當然應該向行政院負責、有政策制定權、與其他行政機關間亦有相互協助的忠誠義務。因此建議參考向來我國師法之美國的通用術語Administartive Commission－「行政委員會」取代「獨立機關」，優點是「委員會」一詞彰顯其合議制的本質，「行政」二字明白點出其仍然是行政機關的屬性，而不是不食人間煙火的準司法機關；既然是行政機關，其主任委員應該由行政院長任命，而不是委員互相推舉；合議制委員會的委員在議會政治下，應該反應兩黨政治的結構，而不是像大法官613號解釋般去找雖然沒有黨籍卻更政治立場鮮明的所謂「社會賢達」掩飾門面。如果委員會能反應政黨政治，則委員的任期應該有保障（但是主任委員一職並沒有任期保障），同時可以確保其施政不會因為政治勢力的經常重組而欠缺長期規劃。
(本文刊登於98.03.11中國時報A14版時論廣場）
（本文代表作者個人意見）
吳威志
王順民
曾復生
