「扁案」演變至今已經有政治化的傾向，這當然與「扁」的高度政治性人格與操作手法有關（此可由其表示考慮參加立法委員補選一事再度得到印證）。但是除此之外，是否有不合理的現實條件可以供其作政治槓桿操作，倒是值得吾人探討。若檢討得宜，可以跳出「以亂治亂」的惡性循環，也為制度革新找到契機。
從去年520政權移轉之後，特偵組的偵察方向不能不說是有了三百六十度的轉變，投注極大的人力物力偵辦「扁案」，相較於之前特偵組不假辭色追訴馬英九的態度，一般國民一時之間很難接受特偵組此種快速改變，再加上特偵組成員言行失當（例如朱朝亮及吳文忠檢察官違反檢察官守則因而被監察院糾舉），於是尋常百姓會產生聯想，懷疑特偵組是否有主動或被動配合政治勢力的「慣性」。其次，「扁」被檢察官聲請羈押，不僅地方法院的裁定前後截然不同，高等法院一再撤銷發回（被張升星法官批評為「舞文弄墨的乩童」）、而且見解南轅北轍。為什麼對於同一件事情的法律見解會有如此大的差異？是不是有什麼「外力」介入？相信是不少人心中的問號。其三，「扁案」起訴後承審法官變更，裁定不羈押「扁」的法官被裁定羈押「扁」的法官取代，姑且不論其中之曲直，但確實是牽動了整個案件最敏感的神經，不僅連美國學者孔傑榮都質疑（「經手本案的法官已經貽誤了陳案所提供的歷史良機去證明司法的獨立、公正與能力」），更直接引發「信者恆信，不信者恆不信」的無解局面。
然而此等爭端真正的「肇事者」其實是檢調機關與法院，這也是民間多年以來一直詬病司法沈疴發病的必然結果。國民黨在執政後，就無可避免的要概括承擔此項司法沈疴的政治後果。化解之道，不是對「扁案」的審理下指導棋或在媒體上公審「扁案」，而是從制度面著手建立檢調機關的獨立性與恢復其公信力（例如首長制的檢察長毫無節制，容易引爆司法信賴的零和遊戲，有改革的空間），痛下決心推動「以正當法律程序為核心」的司法改革，別的不說，至少應該改正在事實不變的前提下，檢察官可以一再申請羈押被告、法院可以一再受理檢察官羈押被告申請、上級法院可以一再撤銷發回而不肯自為裁判的怪現象。
被「扁案」用來借題發揮的另一個議題是落伍的羈押制度，事實上，看守所是將所有尚未被定罪的被告都當成已定罪的受刑人處遇，不管是不是卸任國家元首。因此在強大而粗暴的公權力之下，刑事案件的羈押被告動輒狼狽不堪（例如「上手銬」、無法衣衫整齊）、提訊時三餐不繼，不是「扁」才受此不人道待遇。不容否認，現行羈押制度確實違反聯合國「1966年公民及政治權利國際公約」第10條：「所有被剝奪自由的人應給予人道及尊重其固有的人格尊嚴的待遇。除特殊情況外，被控告的人應與被判罪的人隔離開，並應給予適合於未判罪者身分的分別待遇」，無怪乎司法院大法官連續以653號及654號解釋（雖然作成的時機不免啟人疑竇）指出其違憲之處。化解之道，就是大幅度改善不尊重人權、使被羈押人處於武器不平等困境的羈押制度；再者，立法院應該如同馬總統一再宣示儘速通過聯合國公民及政治權利國際公約，再一併改進與之不符的現行法令。
最後，前朝政務人員被偵訊、起訴、判決有罪的比率非常高，這固然是整飭「扁」貪腐統治的必然，但是還是難免引起「政治追殺」的負面聯想。鑑於政治人物最終的「裁判」是選民與選舉，因此在「扁」的刑事責任確定後，是否仍有必要動用稀有的司法資源全面追訴渠等之刑事責任，在司法政策上就有討論的餘地。折衷之道，或許是強調由監察院對前朝政務人員進行彈劾。彈劾雖然不能發生實際的效果（因為他們都已經離職）或效果不大（僅及於其離職金），但是，至少可以為其作為定出是非黑白，以追來者！
（本文代表作者個人意見）
葉慶元
黎家維
劉性仁
何展旭
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劉新圓
