詳細審視張院長的核四停建報告，可以發現下列四點瑕疵：
一、只考慮「成本」而忽略「效益」
張俊雄院長這樣的分析顯然有嚴重的瑕疵，因為停建核四而支付的880.75億元，全屬損失，不但毫無效益，而且可能還須花錢處理廢墟；但續建核四的支出1,200億元，屬於投資性質，完工後有一座核能電廠可發電，而且每度發電成本，核能均較燃煤、燃油、燃氣為低。若依行政院的方法分析，則興建中的工程，尤其是施工進度未達50％以前，均應宣布停工，因為停工損失一定低於續建成本。不知規劃中的高雄捷運系統及南北高速鐵路，將來是否均採此方式，在完工之前宣布停建？
二、化整為零、誤導社會大眾
張院長在報告中提及停建損失為880.75億元，停工損失為每月1.95億元，興建替代電廠需總投資金額540億元，三者均小於續建核四所需支出的1,200億元，此種說法顯然欲以化整為零的方式，誤導社會大眾。姑且不論每月之停工損失，核四廠停建之後，勢必要興建替代電廠，才能解決未來供電不足的問題，因此停建核四所產生之成本，至少是上述兩者的加總，約1420.75億元，已超過1,200億元。
除了直接成本與損失外，停建核四對財政、經濟與社會所造成的傷害，更是難予估算，這些高額的社會成本也是張院長所忽略的。
三、忽略不同發電成本的差異
（一）核電廠雖然投資大，但燃料成本很低（只占總成本的15%），所以總電價較低，燃氣電廠投資小，但燃料很貴（占總成本的79%） ，故只比投資多少是誤導。依台電統計，核四發電成本每度1.689元，每年總發電成本為300億元，比燃煤少13億元，更比燃氣少97億元，以燃氣替代核四運轉40年，全民將多付出4,000億元。（詳見附表）
（二）核四是淨潔的能源，不會排放二氧化碳、氮氧化物及硫氧化物等空氣污染物，因此外部成本以核能的每年5.75億元最低，燃氣的每年90億元次之，燃煤的每年208億元最高。（詳見附表）
（三）綜上所述，停建核四除合約損失827億元外，其替代方案的外部成本皆高於核四。核四社會總成本每年306億元，但燃煤社會總成本每年高達523億元、燃氣每年也達487億元。（詳見附表）
四、核四續建預算不應與前三廠相提並論
蓋核一、核二、核三時，決算時都比原本預算大幅增加的主要原因為適逢兩次的能源危機，但目前並無能源危機跡象。又核四續建預算1,200億元已高於以前各廠之決算數，而且工程進度已達31.91%，所以將來決算數即使較預算數增加，其增加幅度應該相當有限。
五、補償及其他後續工作的處理
張俊雄於「核四停建報告」中，保證會「確實貫徹充裕能源措施，妥善處理善後工作」，在補償及其他後續處理工作的處理上，包括兩項重點：1.有關核四停建後可能發生的補償問題，則應依台電公司與相關廠商所簽訂的契約及預算法、會計法等相關主計法規處理。另因核四預算係編列於台電公司附屬單位預算內，而該公司為公開發行公司，因此，其補償或損失金額的認列，亦應同時遵照商業會計法、財務報告編製準則等相關規定辦理。屆時台電公司將編列預算送請貴院審議。2. 此外，其他的後續工作，還包括原徵收供興建核能電廠用地及機器設備的處置；合約的處理；台電與興建核四相關員工的人事安排等事宜，本院將督促經濟部及台電公司等所屬單位妥善處理。
張院長的報告表示其已注意到停建核四後有許多的善後問題要處理，但張院長只看到問題的表象，卻未發現問題的困難度，也未提出妥善的解決辦法。
（一）賠償預算的問題
一旦停建核四，台電可能以調漲電價來彌補停建損失880.75億元。電價上漲實際上就是由用戶來分擔停建損失。但台電如有足夠盈餘，可能不必調漲電價，由台電直接吸收，減少台電盈餘繳庫總額，造成政府這項歲入的降低，必須由其他歲入增加（例如增加稅收）來彌補，所以最後仍然是由全國人民分擔損失。換句話說，停建核四損失不是調高電價讓用戶分攤，就是減少台電盈餘繳庫變相由納稅人負擔。此外，台電為一公司組織，若因吸收核四停建損失，而使盈餘減少，將會使股東權益受損，尤其是非政府的股東，此舉可能會引發訴訟問題。據此，立法院審議時未必會通過該案，此時行政院該如何處理？
（二）土地徵收的問題
土地徵收做為核能發電廠，但核四停建後，土地該如何處理呢？依法應還給原地主，但發還土地之前，地主可以要求將土地恢復原貌，這樣還要花龐大的經費才能將興建中的核四廠拆掉。據台電員工自救會的估計，480公頃土地復舊需要工程款300億元以上。
（90.2.3中央日報重要新聞、財經產業版）
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