王皓平民國99年12月25日後，就我國「五都十七縣」之政府體制，我們可以看出，目前我國直轄市政府與縣市政府的「自主組織」分化情形，其仍未有大幅突破。究其原因，一方面受制於現行《地方行政機關組織準則》對於各個地方行政機關，就其得設之一級局、處、委員會的數量，設有「上限」規定，此致各地方政府只能在規定的範圍內，去進行直轄市、縣市政府組織的內部調整；另一方面，受限於我國當前各類「行政作用法律」，在該等法令規範下，甚少規範為中央專屬事項，抑或為地方專屬事項。多數法令規範概為如此之設計：「本法在中央為○○部；在直轄市為直轄市政府；在縣市為縣市政府。」正是如此之職務分工，此致不論是直轄市政府，或是縣市政府，都劃設相當的單位以為因應。依此，使得我國地方政府的組織呈現高度趨同。
而「趨同性」對於「跨域合作」又有什麼影響呢？若從「互通有無」的層面來思考，當A政府與B政府之間存在異質性時，才有合作的可能。舉例而言，若A縣市與B縣市都有焚化爐，則這兩個縣市之間，就很難存在垃圾事項的跨域合作；或者，兩個縣市之間，都有很強的交通規劃能力，分別擁有很強的專家，則這兩個縣市就很難會有合作的機會。進一步言之，在兩個縣市存有相當的差異條件下，才會有很強的誘因，讓他們去進行跨域合作。
就我國目前主要的跨域合作，大多都偏屬「規模經濟型」與「外部效力型」的合作。也就是說，對於一個公共服務的推動，茲因我國當前縣市的轄區規模太小或人口不足，遂而聯合附近縣市，來創造服務效能，抑或得以降低服務成本。舉例而言，「八里污水廠」的設置，就是針對「北台都會區」七百多萬人生活用水的處理，來設置這一個污水處理廠。而且，該廠雖然座落於新北市八里區，但其卻由台北市來管理，而污水處理費用，係由台北市、新北市與基隆市三個城市依污水比例來分攤。而就外部性而言，諸如空氣污染防治，或是河流的共同診治，即為外部性合作的案例。
以上說明可知，若要健全我國地方政府間的跨域合作，其實中央單位實應更加重視地方政府的「自主組織權」，以及行政作用權的分化。而有了該等權利(力)之後，地方政府的組織建制就會遞漸分殊化。一旦充分分殊化後，地方政府之間，自然就會有合作的誘因，就不需要為了合作而合作，而此等的合作才是真正的合作。
紀俊臣
黃耀輝
林祖嘉
朱雲鵬
王健全
胡思聰
王順民
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