在全球化既合作又競爭的國際情勢，以及國內民主化後社會需求多元複雜化的情勢下，行政院組織改造已成為必然之勢。基於組改工程牽涉範圍既深且廣，為加速、順暢之，相關配套措施之研擬顯得更為重要，包括法規整備、財產檔案移交、員工權益保障等。在調整過程中，有形、實質部分的調整或許麻煩，但相較而言，尚稱容易，難而又費時的反而是無形的部分，例如：組織文化、人員心態等，而這些無形的部分卻又是組改能否成功的關鍵，宜善加處理，否則將可能影響組改的推行成效。
所謂「組織文化」指的是：「一個組織內，基於共享的價值與信仰模式，所發展出來的行為準則之規範。」簡單說，就是一個組織內在的行事風格與價值判斷模式，也就是所謂的組織調性。「組織文化」的重要性在於，其型塑所屬成員的行為方式與辦事態度；反過來說，如果一個人與組織顯得格格不入，其可能就無法大展長才，更甚者，其可能產生反抗意識，進而阻礙組織的運作。以此概念觀察組改工程，在研議過程中，研考會即因為觀光人與文化人所屬特性不同，而決定讓觀光局仍維持在交通部內；此外，僑委會(彈性、非正式)與外交部(官方、正式)調性上的差異，也成為兩者不合併的理由之一。
綜觀新的行政院組織架構，單位數量由現有的三十七個部會精簡為二十八個部會，涉及組織整併的部分包括：體委會併入教育部、工程會併入交通部、原能會併入、青輔會分別併入教育部與勞動部、原能會併入國科會、蒙藏會併入陸委會、原能會併入國科會、經建會與研考會合併、新聞局分別併入外交部及文化部、消保會併入公平會。除了這些涉及整個單位的整併之外，為求事權統一，也有較為零星式的調整，像是內政部有關社福、營建等業務單位分別納入社福部與交通及建設部等，從組織規模來看，這些隸屬較小業務單位的人員將更容易產生組織文化適應的問題。
為避免各機關單位在整併之後，發生人員與組織文化適應不良或相互排斥的情況，使組織調整成本提高，或許可透過以下方式解決之：
第一、 儘快型塑新單位的組織文化：儘管組織文化的形塑需要一定時間，但為使合併單位的人員有認同感，避免產生「外來者」的疏離感，現存單位宜避免存有以原有組織文化「同化」被併入單位的人員之想法，而應共同型塑新的組織文化。
第二、 加強領導階層的領導協調力：在組織調整、組織文化重建的階段，機關單位首長扮演重要的角色，其必須發揮相當的協調力及領導力，領導整個組織建構新的組織特色，並以開放的心胸歡迎、接納新員工。
第三、 加強組織的彈性並定期更新、檢討組織文化：組織文化的優點在於，便於塑造組織的整體感及特色，成員行事上有所依歸，有利建構成員的向心力。缺點則在於可能陷入僵化、集體思考。為取得平衡，宜加強組織的彈性，並且定期更新、檢討組織文化，防止強勢組織文化可能產生的缺陷。
第四、 加強人員的輔導：為免部份人員產生不適應感，各單位宜加強人員的輔導工作，提供相關管道，協助因組改而調動單位之人員及早適應新單位的組織文化。
第五、 加強成員的向心力：定期透過聯誼、活動的舉辦(如大型計畫案、員工分組競賽、員工表演活動)等，提升組織成員的向心力。
第六、 加強評鑑與轉調協助：部分時候，當事者可能並未意識到自己與組織文化的差異性，因此即使運作不順暢亦不自覺，為此，除了在一開始輔導員工適應新單位之外，也應有一定的評鑑工作，確認員工的適應情況。一旦予以輔導卻仍無法改善時，應協助轉調至合適的單位，以利公務之推行。
理論上，組織文化不宜僵化，而應與時俱進，但實際上，組織文化卻經常有成為強勢文化的趨勢，在公務機關尤其如此，例如部分機關被評為極端保守，卻也有機關被視為彈性、有活力。基於公務單位在甄選員工時，是依據考試結果決定晉用，而無法像私人企業般，在某種程度上透過組織文化來篩選合適員工，也正因為如此，在公務單位極易發生新進員工與組織文化不合的情況。在組改工程中，因為涉及大量的組織調整，更可能產生此情形，相關單位在規劃組改工作的實施上，宜重視此問題，以免作為公務機關主體的公務人員發生適應不良的情況，進而阻礙組改工程的推行。
楊朝祥
王順民
劉新圓
