海峽兩岸在2008年5月20日馬英九擔任總統後，兩岸兩會(台灣「海基會」、大陸「海協會」)重啟談判，延續2005年連戰訪問中國大陸，連胡(錦濤)會後，國共論壇所達成的共識，迄今(2009年12月第四次江(丙坤)陳(雲林)會之前)雙方已簽署了九項協議。而懸盪已久的直航在2008年7月開始周末包機，至今的定期航班，每天有420架次的飛機，航行於兩岸天空，兩岸關係益趨緊密。
兩岸循著先經後政，先易後難的原則，進行談判合作，如今經貿關係逐漸正常化，但兩岸之間所共同關心的「台灣的國際空間」、「兩岸軍事互信機制」、「兩岸和平協議」等比較政治性的問題，目前雙方究竟決定於何時開始進行正式地磋商，兩岸當局的認知仍有差異。不過，就專家學者的研究而言，即使是高正治性問題，仍可進行研究、探討，兩岸學者更應積極對話，交換意見，為未來兩岸和平進行正式商談時，提供一些彼此需要共同解決的問題及解決之道。
一、南海問題
20世紀中期以前，遠從清朝時代，到後來的中華民國在大陸的國府時代，以及1949年兩岸分治以來，南海的主權問題並沒有引起爭議。但自從大量探勘海底石油天然氣資源以後，圍繞在南海海域的島嶼之主權爭議，一直被認為是亞洲最具潛在性的危險衝突地帶。
綜觀之，南海地區所以成為危險衝突地帶，可以從以下兩點加以觀察：
第一，國際戰略角度
南海地區牽涉到國際水道航行自由問題，若任何國家控制該航行水道，勢必威脅到其他國家的利益。尤其是世界強權美國和經濟大國日本的利益。美國有其東亞、南亞整個太平洋戰略的考量，對於此區域國際海權的控制，自然是其重大的國家利益。而日本依賴貿易發展經濟，其石油能源絕大多數來自中東，南海航線的暢通是日本內外經貿發展、經濟依存的重要戰略地帶，自是不言可喻。因此，南海必然成為國際強權覬覦之地。
但對兩岸而言，南海也是國家安全的南端門戶，就中國大陸而言，若此海域為其他國家或國家組織所掌控，則南海門戶洞開，國防維護出現漏洞，對台灣而言亦復如是。何況，兩岸對南海主權都有歷史責任感。
第二，經濟利益角度
南海是西太平洋的邊緣海，面積遼闊，蘊藏著豐富的石油、天然氣資源，根據中國大陸的估計，僅南沙群島的天然氣資源量就可達300多億噸油當量。而南海海底蘊藏著被稱為「21世紀新能源」的可燃冰帶，其資源總量估計相當於大陸陸地煤炭、石油、天然氣總儲量的一半。可燃冰是天然氣水合物的俗稱，在海底低溫和壓力下，甲烷被包進水分子中，形成一種冰冷的白色透明結晶，俗稱「甲烷水合物」，外表看上去像冰，但具易燃性，能像蠟燭一樣燃燒，故又稱為「可燃冰」。海底可燃冰的分佈範圍佔海洋總面積的10%，相當於4000萬平方公里，是迄今為止海底最具價值的礦產資源。據估計，1立方米的可燃冰釋放出的能量，相當於170立方米的天然氣，且燃燒時不會產生剩餘物，減少環境汙染，可成人類新的後續能源。[1]
根據台灣經濟日報2009年12月20日的報導，中國海洋石油公司與李嘉誠控股近71%的哈斯基能源公司，在中國南海深水區塊的探勘取得重大突破，發現巨型油氣田，估計可以年產5億立方公尺的天然氣[2]。
此外，如菲律賓則和英國的Forum Energy合作開採禮樂灘(北緯11度20分，東經116度50分，面積廣大，灘面南北長130公里，東西寬65公里)，據估計，該灘周圍可能蘊藏著1千億立方米天然氣和4.4億桶石油。[3]
而2009年8月21日北京新浪網更報導，Forum Energy其實正在探勘的地方，總數達27處，更結合了西方200多家公司合作在南海海域合作開鑽了1380口鑽井，估計年產石油達5000萬噸，而中國大陸大慶油田年產量是4000萬噸。[4]
由以上報導可知南海海域所蘊藏的巨大能源經濟利益，海域周遭各國自不會輕易讓步。
二、兩岸在南海所控制的島礁
在南沙群島台灣控制了太平島和中洲礁。大陸則分別擁有永暑礁、赤瓜礁、東門礁、南薰礁、渚碧礁、華陽礁、美濟礁、信義礁等共8個。
西沙則由永樂島和宣德群島組成，西沙海岸線長518公里，現由中國大陸所控制，海南省已提議，現有西沙群島辦事處將升格為「三沙市」為縣一級之市，國務院亦已批准。
東沙群島由台灣之中華民國所掌控，2007年1月17日由政府宣佈成立「東沙環礁國家公園」，隸屬內政部營建署。東沙群島由三個珊瑚環礁構成，即東沙環礁、南衛灘環礁及北衛灘環礁，四面環海，環礁西側為東沙島，該島陸地面積約1.74公里。
中沙群島在西沙群島東側，位居南海的中間領域，是橫跨或斜穿南海海域航道必經之地。中沙群島除露出少數幾個礁頭外，全為隱沒海水下的暗沙、暗灘、及暗礁，也是海上航行危險區域之一。中沙群島不能居住，但因周圍海域水產豐富，漁船、商船往來頻繁，地位重要，目前是中菲南海主權爭執焦點之一。
三、兩岸在南海合作的可能性及其方式
從前述南海島礁的主權爭議，各方在南海諸島的掌控，以及南海所擁有的資源開發權的爭奪，兩岸之間如果能夠攜手合作，將更能促進兩岸間的和平發展。
根據「南海各方行為宣言」，其中很重要的依據是「聯合國海洋法公約」。由於台灣不是該公約的簽約國，因此，台灣外交部對於南海的諸多爭議，不斷地發表一些聲明，但較顯得被動與力道不夠，雖然台灣有駐軍在太平島。但一方面不是「聯合國海洋法公約」簽約國，自然也不是「南海各方行為宣言」簽署者之一。因此，無法參與一些官方的對話。
不過，兩岸之間正在尋求建立「軍事互信機制」，南海可以是建立兩岸軍事互信機制的一個前置性的試探。根據「南海各方行為宣言」，在第五項規範「在和平解決它們的領土和管轄權爭議之前，有關各方承諾本著合作與諒解的精神，努力尋求各種途徑建立相互信任，包括：
(一)在各方國防及軍隊官員之間展開適當的對話和交換意見；
(二)保證對此於危險境地的所有公民予以公正和人道的待遇；
(三)在自願基礎上向其他有關各方通報即將舉行的聯合軍事演習；
(四)在自願基礎上相互通報有關情況；
(五)打擊跨國犯罪，包括但不限於打擊毒品走私、海盜和海上武裝搶劫以及軍火走私。」
當然，南海各方行為宣言，簽署的國家不包括台灣，其簽署國共有中國大陸、汶萊、柬埔寨、印尼、寮國、馬來西亞、緬甸、菲律賓、新加坡、泰國和越南。
台灣能否參與「南海各方行為宣言」，用什麼方式參與，以及以什麼名字來簽，都值得雙方去研究。其實，「南海各方行為宣言」用的名詞是「各方」而不是各國，在這方面讓台灣與南海問題爭議有關的國家去處理與「宣言」有關的事宜，可以顯示大陸對台灣國際空間活動的善意。
其次，有關宣言中對於相關軍事問題的對話和交換意見，兩岸也可以展開對話。大陸目前和南海問題有關的機構除軍方外，尚有海洋局、漁業局等單位，而台灣除國防部外，也有海巡署。事實上，國防單位可以先對話，也可以由海巡署和大陸有關方面來對話，對話的內容除了保護雙方漁民捕魚之安全外，將來甚至於可以展開聯合的軍事演習，預擬如何對付東南亞各國不合理的軍事行為。
此外，最重要的雙方在能源合作方面，似可更加強彼此的合作。南海能源開發大陸也列為高等院校211工程的重要研究內容，台灣成功大學也與大陸有所合作，合作的對象似可擴大。而台灣方面也可主動邀請大陸高等院校及研究機構加入。
此外，台灣所掌握的太平島，建有「南星碼頭」，以及機場，機場上設有南沙醫院、氣象觀測站、衛星通訊電話以及其他雷達設備。倘若兩岸能在太平島的使用上相互合作，對於兩岸的軍事互信機制的建立，一定能起積極的作用。
四、結論
南海問題，最近以來越南動作頻頻，菲律賓亦有動作，美國亦不時派出一些探測船艦在附近作業。南海問題所涉及的各國，雖本著「擱置爭議，共同開發」的原則，但運作機制似乎並沒有積極展開，潛在衝突可能性極大。兩岸之間因著彼此關係的和緩，當會相互節制自己，不致擦槍走火。但彼此若能互助合作，共同守護兩岸的南方門戶，更可以為兩岸和平發展開創一個探索的模式。
（本文發表於廣州，暨南大學東南亞研究所主辦2009-12 International Conference onThe Development of Marine Cooperation Between China and Southeast Asian Countries Analysis to Cross-Strait Cooperation in South China Sea）
（本文代表作者個人意見）
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