第一節、前言
自政府於1987年11月2日開放民眾赴大陸探親、1992年9月18日台灣地區與大陸地區人民關係條例暨施行細則開始施行，正式准許台灣企業赴大陸投資以來，兩岸人員往來及投資貿易關係日益密切，自然而然會逐漸衍生出對兩岸海空客貨直航的需求。
1994年5月26日行政院大陸委員會發佈「兩岸直航說明書」，稱「唯有在有尊嚴、有秩序、有安全情況下始能達成直航目標。」開始關注兩岸直航議題。1997年4月19日兩岸展開高雄港與福州及廈門港「不通關、不入境」的「境外航運中心」貨物海運轉運業務。
兩千年政黨輪替後，民進黨政府於2001年1月1日依據「試辦金門馬祖通航實施辦法」，開始試辦金馬小三通。2003年1月2日兩岸春節包機展開歷史性首航。2006年6月14日海峽雙方就兩岸客運包機節日化和開辦專案包機的技術性、業務性問題達成共識，做出安排。 雖然民進黨執政時代兩岸直航亦有進展，但一般認為其進度不夠，無法滿足人民及企業之需求，如歐洲在台商會（European Chamber of Commerce Taipei, ECCT）2006年評估報告即說「台灣如果不開放三通直航，有多達十五家歐洲廠商，將會集體從台灣撤資。」
2008年3月22日馬英九以58.45%得票率贏得總統大選，兩岸高層先後於4月12日進行「蕭胡會」；4月29日進行「連胡會」；以及5月28日進行「吳胡會」，為兩岸營造良好的政治氣氛。而海基、海協兩會於6月11復談，並於13日簽訂「海峽兩岸包機會談紀要」及「海峽兩岸關於大陸居民赴台灣旅遊協議」兩項文件，更受到舉世矚目，不但為兩岸關係開展新情勢，也為兩岸直航創造新的前景，但兩岸關係仍然具有高度的複雜性與敏感性，對兩岸直航有必要加以回顧過去與前瞻分析並提供政策建議。
有關新情勢下的兩岸直航前景研究架構如下，第二節：兩岸直航的客觀需要及成本效益分析；第三節：兩岸直航對台灣經濟發展的戰略意義；第四節：民進黨執政時期兩岸直航政策面分析；第五節：新情勢下的兩岸直航前瞻；最後是政策建議及結語。
第二節、兩岸直航的客觀需要及成本效益分析
自1987年政府開放民眾赴大陸探親及1992年正式開放台商赴大陸投資以來，展現出兩岸人民往來頻繁、台商投資大陸眾多及兩岸經貿關係密切等現象，自然而然會衍生出對兩岸海空及客貨直航的需求，茲分別敘述如下：
一、兩岸人民往來頻繁
在兩岸人民往來方面，自開放初期1988年的43萬7千餘人，到2007年的462萬餘人次赴大陸旅遊，成長10餘倍，而累計至2007年底，一共有4,703萬餘人次赴大陸旅遊。在大陸居民來台方面，2007年共有32萬餘人次來台，成長率31.66%，截至2007年底止，共有186萬餘人次來台 。現在兩岸週末包機直航及大陸觀光客來台已實現，兩岸人民往來數目絕對遠遠超過此數。
在兩岸人民往來日益頻繁的狀況下，民眾自然會希望改變目前主要經過香港、澳門間接往來兩岸的模式，轉到能節省時間及成本的直航模式。
二、台商投資大陸眾多
依經濟部資料顯示，到2007年底，台灣共有36,538件投資案件登記赴大陸投資，投資金額達到648億美元；而由大陸官方統計，台商投資大陸案件為75,146件，實際到位金額達456億餘美元 。大陸目前已成為我對外投資金額最多的地區，至2007年底為止，對大陸投資佔我整體對外投資比率高達55.4%，而這個數字在2005年更高達71.0%，2006年為63.9% ，中國大陸已經成為我國企業海外之主要生產基地。
大陸台商普遍有返台進行原料及設備採購，促進了台灣對大陸的出口，而直航對於兩岸母、子公司之運籌調度甚為需要，因為時效及成本是他們競爭力決勝的關鍵，兩岸無法直航，時間成本的浪費是極大的傷害，而廠商因此增加的備料存貨所耗損的成本也十分可觀。
三、兩岸經貿關係密切
兩岸貿易往來密切，以2007年為例，依陸委會估計，我與中國大陸貿易總額為1,022億美元，佔我同期對外貿易總額21.9%；我出口至大陸之商品及勞務約為742億美元，佔我出口總額30.1%；我自大陸輸入金額為280億美元，佔我進口總額12.7%。大陸為台灣的第一大貿易伙伴，第一大出口伙伴，第二大進口伙伴，台灣對大陸的貿易順差超過台灣對全球的貿易順差，大陸對台灣的外貿重要性不言而喻。
在我對大陸出口的產品中，主要貨品項目為電機設備及其零件、光學產品及零附件、機器用具及其零件、塑膠及其製品、鋼鐵、有機化學產品、人造纖維絲、銅及其製品、工業用紡織物、人造纖維棉等，這些原料及零配件產品合計占我輸出中國大陸的比重超過80% 以上，台灣出口上游原料、零組件及機器設備至大陸，大陸進行生產加工的製造過程再輸往歐、美主要消費市場，台灣與大陸這樣的生產合作型態，已成為世界產業供應鏈的一個重要環節。
在兩岸人民及投資經貿往來如此熱絡情況下，未來兩岸如何在經貿面建立更有效率的合作架構，尤其是兩岸直航可以節省往來兩岸的時間及成本，將成為兩岸經濟發展的重要課題。
四、兩岸直航的成本節省
民進黨執政時於2003年8月15日公布官方「兩岸『直航』之影響評估」，其中對於兩岸直航的成本節省方面，在海運「直航」方面，可節省約一半的運輸時間及每年新台幣8至12億元運輸成本；在空運「直航」方面，可節省旅客旅行時間860萬小時及新台幣約132億元，貨物運輸時間26萬噸小時及成本約新台幣8.1億元；對個別企業而言，因海空運「直航」可節省運輸成本估計約一成五至三成。
另外根據國內外學術研究機構及學者的評估，兩岸直航可節省的成本如下：中華經濟研究院學者2002年針對相關企業調查結果顯示，兩岸直航將使海運貨物運輸成本節省14.56%，使人員往返兩岸的貨幣成本節省27.12%。
另外，政大教授林祖嘉等的估算，海運直航節省時間約3至21小時，成本一年節省約新台幣8.4億元。空運節省時間每人（包括貨物）每航次赴華北、華中與華南分別可以節省170、205及185分鐘，其中轉機時間節省60分鐘，成本每年可節省293.8億元新台幣。空運貨運成本節省約8.1億元新台幣。其他學者專家如譚瑾瑜（2008）等均對兩岸直航所節省的時間及成本做過評估。
兩岸直航節省的時間及成本多寡或許個人評估有些許差異，但兩岸直航可以節省往來兩岸的時間及成本絕對是大家一致的意見。根據目前交通部最新規劃的兩岸直航航線，桃園到上海只需67分鐘，比周末包機還要快1小時23分；桃園到北京只要2小時30分鐘，比包機省1小時15分鐘；桃園到廈門只需1小時，可省30分鐘。
五、兩岸直航的效益分析
國內學者根據GTAP（Global Trade Analysis Project）模型，所做的推估大多指向兩岸直航後，對台灣與大陸總體經濟的貢獻均會有正面幫助，如翁永和等人（2001）估計海空直航將使台灣實質GDP增加0.030%，大陸實質GDP增加0.042%；陳麗瑛等人（2002）估計開放直航將使台灣實質GDP增加0.15%、大陸實質GDP增加0.06%；高長等人（2002）亦有同樣的估計結果。
雖然林祖嘉（2006）認為運用GTAP或是投入產出（input-output model）等靜態模型來估計兩岸直航可能對兩岸總體經濟產生的影響會有誤差 ，但基本上兩岸直航對兩岸總體經濟有正面效益已是學者的共識。
第三節、兩岸直航對台灣經濟發展的戰略意義
兩岸直航可以節省往來兩岸的時間及成本，降低企業佈局兩岸的經營成本，提升企業的國際競爭力，並且對兩岸總體經濟發展均有正面助益，這已是不爭的事實。尤其是當前兩岸共同面對全球化、區域經濟整合及知識經濟的浪潮，各國莫不紛紛大幅降低貿易障礙，使生產要素與商品能夠做更有效率的流通，使資源運用更具效率，並做到貨暢其流，以提升國際競爭力。
兩岸無法直航，不但違反全球貿易自由化的潮流，也無端升高企業的經營成本，使國內外企業無法充分整合大陸的資源，造成台灣整體國際競爭力快速流失。也使得我國海空港口營運地位逐年下降，2007年高雄港貨櫃吞吐量可能掉到第八名，不久還可能會落到大陸的青島及寧波港之後到第十位。
如果我們繼續拒絕開放兩岸直航，對大陸市場採取封閉策略，屆時台灣的經濟發展必將嚴重受創，真正陷入「邊陲化」的困境。例如，美國在台協會辦事處（AIT）處長楊甦隸（Stephen M. Young）就2006年就曾呼籲說：「美方鼓勵台灣與中國談判儘快三通，台灣若要維持在全球供應鍊的重要地點，就需和大陸直航；台灣越慢開放三通，自外於區域經濟整合趨勢的風險就越大。」
過去台灣曾以低廉的生產成本，再加上企業靈活的國際行銷能力，成為全世界代工製造的重要基地。然而，自1980年代末期起，台幣大幅升值，台灣的土地、勞工成本大漲，再加上中國大陸及東南亞國家相繼投入世界生產行列，台灣的「傳統勞力密集產業」逐漸喪失價格競爭優勢。台灣除本身經濟結構必須要提昇，生產高附加價值產品之外，同時也需要大陸作為生產基地，依「比較利益」的原則，善用大陸的生產條件，將企業不同功能作業移至大陸，作為台灣經濟佈局全球的一環，這已是維持台灣總體經濟持續發展，避免經濟被邊緣化，以及個體企業生存、提升國際競爭力、必走的策略。
尤其是大陸自1979年開始在廣東及福建試辦經濟特區，開始實行改革開放政策以來 ，經濟快速成長所蘊育的商機，各國企業莫不躍躍欲試，而台灣具有亞太中心地理位置、具有優秀經驗的企管人才及經貿體制與世界接軌的優勢，再加上兩岸血緣相同、文化語言相通、地理位置接近，應為進入大陸最佳的門戶，具備極佳的外商投資大陸的跳板地位，然而這樣的優勢在兩岸無法直航下，變得難以發揮。
綜合整理兩岸直航對台灣經濟發展的戰略意義如下；首先，增強台灣國際競爭力：兩岸直航降低兩岸貿易成本及往來時間，可以讓台灣發揮位處亞太地理中心的優勢，有利於台灣產業的全球運籌，以時效爭取優勢，並減少其資金積壓，增強國際競爭力，台灣因此可以發展成為資訊產業的運籌中心。
其次，建設台灣成為亞太海空轉運中心：根據「兩岸『直航』之影響評估」，台灣地理位置優越，又擁有條件極佳之天然深水港，在亞洲海空運具有優勢的競爭條件。兩岸直航對確保我海運地位，也對我發展成為亞太地區航空貨運及旅客轉運中心有一定的助益。而建立亞太海空轉運中心後，並可順勢發展配套的運輸、倉儲、物流、報關、金融、保險等相關服務業，吸收製造業外移之失業人口。
第三，促使台商根留台灣，兩岸直航後，可以降低台灣產品出口大陸的成本，增強競爭力，如此可以促使台商將總部及部分產品製程根留台灣，建立營運總部及全球運籌中心。
第四，吸引外資來台設立總部，兩岸直航後，在政治面可以開創兩岸的和諧氣氛，在經濟面可以降低外資企業佈局兩岸的經營成本，如此可以擴大吸引外資來台，設立營運總部。同時可以促使外資與台商組成策略聯盟，進軍大陸，將台灣建設成「亞洲的門戶」。
兩岸直航對兩岸關係的發展而言，有以下效益：第一，增進兩岸人民及經貿往來，兩岸直航降低兩岸往來時間及成本，可以增進兩岸人民往來的誘因，也可促進兩岸貿易更為密切。
第二，創造和平氣氛，兩岸若能直航，可以開創兩岸和平、和諧、合作的氣氛，對於改善兩岸關係有極大的助益。
第四節、民進黨執政時期兩岸直航政策面分析
在全球化浪潮及大陸經濟崛起之時，全球企業都在積極運用大陸廉價生產要素作為生產基地，並且積極搶佔大陸市場之際，台灣是要逆勢而為，抗拒利用大陸的生產優勢，坐令他國企業運用大陸的生產條件，取得優勢地位；或是順勢而為，善用大陸經濟騰飛的動力，成為自身經濟發展的助力，開放兩岸直航，與大陸進行經濟合作，確保我們的優勢？這已是台灣經濟發展最重要的課題之一。
兩千年政黨輪替後，針對兩岸直航的相關作為，民進黨政府的施政計有：第一，於2001年1月1日依據「試辦金門馬祖通航實施辦法」，開始試辦金馬小三通。
第二，2003年1月2日兩岸春節包機展開歷史性首航，但兩岸包機往返均中停降落香港或澳門機場。 2004年春節包機雖然「政府願意繼續辦理春節包機，甚至歡迎雙向和增加航點，因牽涉到兩岸行政權，一定要協商，但對岸沒有協商意願，使得包機無法實施」。 2005年一月實施之春節包機則是不須中停第三地，但須飛經香港情報區，2006年至2008年春節包機則是比照2005年春節包機模式辦理。
第三，除春節包機外，2006年6月14日海峽雙方就兩岸客運包機節日化和開辦專案包機的技術性、業務性問題達成共識，做出安排， 開始專案貨運包機、一年四節節日包機、緊急醫療包機及特定人道包機。
雖然民進黨執政時代兩岸通航亦有部分進展，但在海運及空運直航方面卻未實現，茲分別敘述如下：
一、就兩岸海運直航部分
就兩岸海運直航部分而言：首先，2001年民進黨政府召開經發會，當時與會代表對於兩岸海運政策方面達成「擴大境外航運中心功能及範圍，開放貨品通關入出境」的共識，這是立即有效，並且「操之在我」的開放，只要政府同意，根本無須與中共當局談判，兩岸海運即可達一定程度的便捷化，這一部份的兩岸海運政策完全是「操之在我」。然而，民進黨政府枉顧共識，只開了個「單向、定點，局部」的小門，即只准貨物由大陸來台，只能由高雄上岸，只能進入加工區或科學園區，完全沒有達到原定決議的目標。
其次，依兩岸條例第二十八條至三十二條規定，只要主管機關訂定「許可辦法」，即可開放兩岸通航。然而，民進黨執政八年來，從未訂定「許可辦法」，當然也就無法開放。這也難怪長榮集團總裁張榮發懷疑民進黨政府推動兩岸貨運便捷化的誠意，按耐不住，重砲公開轟擊民進黨政府：「不重視海運，沒有政策，每天只想明天選舉拿多少票。」
二、就兩岸空運直航部分
根據民進黨政府2003年9月10日公佈的「航空貨運便捷化」措施之政策說明 ，值得肯定部份的是民進黨政府終於體認到「兩岸貨運便捷化」是台灣民眾的主流民意，也是台灣經濟發展的重要關鍵，對於提昇台灣企業界的國際競爭力有相當的助益。然而，這份政策說明有太多部份讓明眼人一看就知道民進黨政府根本是說的一套，做的又是另一套，執政八年完全沒有具體落實「真正的兩岸貨運便捷化」，連兩岸空中客運部分也僅進行到節日包機、緊急醫療包機及特定人道包機。
民進黨政府所持主要理由，除了國家安全因素之外，就是經濟方面的因素考量，主要為：「從經濟面考量，『直航』及『三通』可能引發產業外移及大陸物品進口因運輸成本降低而取代本地生產貨品等負面影響，所以現階段只實施有限度、小規模『間接貨運包機』」。這是民進黨政府拖延兩岸貨運便捷化、僅開放一小步的藉口。兩千年政黨輪替以來，兩岸間並沒有直航，台灣企業卻大量外移，僑外投資巨幅下降，最近世界經濟論壇（World Economic Forum, WEF）成長競爭力評比指出我們最大的問題是「政策不穩定」，對照之下顯示台灣產業外移完全與兩岸直航無關，主要是因為投資環境惡化所致。如今最明顯的例子，就是在民進黨政府宣佈「航空貨運便捷化措施之政策說明」之後，全球第一大的航商丹麥麥克輪船公司（MAERSK）因為看好未來兩岸海運會直航，將原本外移之計劃取消，續留在台灣。這個例子說明，兩岸直航有助於國內外廠商深耕台灣，而不是陸委會所說的會引發台灣產業外移。
至於「大陸物品進口會因運輸成本降低而取代本地生產貨品」更是杞人憂天。台灣要不要開放大陸產品進口是「操之在我」，政府若認為「大陸某些物品進口會取代本地生產貨品」，可以在世界貿易組織（World Trade Organization, WTO）架構下，透過談判限制其進口或是延遲其進口時程，根本不必用此藉口來拖延兩岸貨運直航開放的時程。 由此可見，民進黨政府根本無意開放兩岸直航。
第五節、新情勢下兩岸直航前瞻
過去台海兩岸的主權爭議，無疑是雙邊協商兩岸直航的最大障礙，然而，中共副總理錢其琛在2002年10月16日於北京接受《聯合報》訪問時表示，三通是經濟問題，不是政治談判，又說兩岸三通的直航可以稱爲「兩岸航線」 。隨後錢其琛在2003年1月23日全國台辦主任會議在京舉行時談到：兩岸「三通」是經濟事務，「三通」談判可以不涉及一個中國的政治含義，要按照「不以政治分歧去影響、干擾兩岸經濟合作」的精神，積極推動。 錢其琛提出將直航定位為「兩岸航線」的觀點並定位為「經濟事務」，已使兩岸直航實施的可能性大增。
2005年3月份，國共兩黨開始展開交流，首先是江丙坤副主席首先率領訪問團至大陸進行「和解之旅」，在兩岸直航方面，與大陸當局達成「關於兩岸節日包機常態化，以及貨運包機便捷化，大陸持積極態度推動，國民黨將繼續派團磋商」的結論。
2005年4月29日，連戰主席率領訪問團赴大陸進行「和平之旅」，與中共當局領導人共同發表「新聞公報」，提出「五大願景」，有關兩岸直航的內容，達成「建立兩岸經濟合作機制。促進兩岸展開全面的經濟合作，建立密切的經貿合作關係，包括全面、直接、雙向三通，開放海空直航」的共識
2006年4月15日，國共兩黨於北京舉行第一屆兩岸經貿論壇，在兩岸空運直航方面達成：「共同推動兩岸民間航空行業組織儘快按既有模式，就兩岸貨運包機便捷化和客運包機節日化、周末化、常態化的相關問題進行協商，作出安排，儘早實施。爲便於包機的協商和實施，可以根據兩岸航空業者和市場的需求，務實、靈活處理相關事宜。大陸「海峽兩岸航空運輸交流委員會」與「臺北市航空運輸商業同業公會」應儘早就兩岸空中通航的航路進行協商，爭取建立最爲便捷的直達航路。」
在海運直航方面，達成「積極推動大陸「海峽兩岸航運交流協會」與臺灣民間航運行業組織按2005年春節包機澳門協商的模式，就海上直航相關事宜進行溝通，務實推進兩岸海上直航進程。」
在小三通方面，達成「繼續擴大福建沿海與金門、馬祖海上客貨運直航的功能與範圍，推動福建沿海與澎湖的直航及兩岸貿易貨物經金門、馬祖、澎湖的中轉。」
2007年4月29日國共兩黨於北京舉行第三屆兩岸經貿文化論壇，有關兩岸空中直航方面達成的共同意見為：「促進兩岸空中直航與航空業交流合作。推動兩岸民間航空行業組織，就包機的周末化、常態化儘早作出安排。增加包機地點，擴大乘客範圍，增加班次密度，相對固定時刻完善營銷方式，以便捷兩岸人員往來。在兩岸業者包機總班次對等的情況下，允許雙方根據實際情況各自指定包機承運人。鼓勵兩岸民間航空業組織儘早就建立直達航路事宜進行溝通和落實，儘快實現兩岸空中交通管制直接交接。希望台灣方面儘快允許大陸航空公司在臺灣設立相應的辦事機構或代表處。在條件允許的情況下，兩岸航空公司可在對方自辦業務。」
就兩岸海運直航達成的共同意見為：「兩岸海上通航和救援合作。推動兩岸民間航運行業組織儘早按照既有模式就兩岸海上通航相關事宜進行溝通，達成共識，作出安排。臺灣方面應本著互惠雙贏、互利共用的原則，允許大陸海運企業在臺灣設立經營性機構。支援、鼓勵，兩岸民間專業組織在兩岸海上搜救、打撈方面開展技術交流與合作。兩岸專業救助力量應全力以赴對發生在臺灣海峽的自然災害和海難事故提供緊急救援，共同維護海上人員生命財産與環境安全。」
就小三通達成的共同意見為：「繼續拓展福建沿海與金門、馬祖、澎湖直接往來的範圍和層次。兩岸應採取切實有效措施，推動福建與金、馬、澎直接往來朝著積極穩妥、安全順利、健康有序的方向發展。當前應重點推動擴大兩地人員往來和貨物貿易的範圍。希望臺灣方面充分考慮金門、馬祖民衆的需求，儘快同意金、馬與附近沿海建立直達水電供應管路。呼籲兩岸有關方面爲兩岸船舶公司及其他企業從事福建與金、馬、澎直接往來的相關業務提供稅收優惠、通關便利等方面的政策支援。」
經過幾次論壇的溝通討論，兩岸各界對於兩岸海空客貨直航以及小三通的擴大實施已經逐步達成共識，接下來就看兩岸當局如何透過公權力授權的機構去協商完成。
自馬英九於2008年5月20日就任中華民國總統後，兩岸海基、海協兩會於6月11恢復協商，並於13日簽訂「海峽兩岸包機會談紀要」 ，促成兩岸週末包機於7月4日成行，已經為兩岸直航奠下良好基礎。然而，有關兩岸直航實施所牽涉之事項相當繁複，我政府仍然必須謹慎應對，一步一腳印，努力促成其實現。
第六節、政策建議及結語
面對全球化、區域經濟整合、知識經濟及中國大陸經濟崛起的客觀事實，世界各國企業在全球化佈局的趨勢下，紛紛進軍大陸。台灣本來就是海島小型經濟體，必須走向國際化、自由化，故台灣必須善用大陸作為生產基地，結合台灣的人才、資金、管理經驗等優勢，發揮互補互利、互惠雙贏的效益。而具體做法則是開放直航，降低兩岸人員往來及投資貿易的成本，提昇產業的國際競爭力。
對於未來兩岸空中客貨直航、海運客貨直航以及小三通等方面，我們提出的具體建議如下：
一、在空運方面
第一、在目前週末包機的基礎上，實現每日客運包機，進而實施常規客運班機。
第二、在目前週末包機的基礎上，實施週末貨運包機，並配合每日客運包機的落實每日貨運包機，進而實施常規貨運班機。
第三，在航線方面，目前所有週末包機均需向南經過香港飛航情報區的航線，建議增加飛經琉球飛航情報區的航線，如此可以大幅節省大陸華中以北城市往來兩岸的時間及成本。在這兩條航線運作順暢後，兩岸可以考慮建立「空中安全走廊」，即兩岸協商指定時間、地點、航線、航空器、通訊識別方式，建立兩岸直接空中客貨運輸航線，可以縮短航程，發揮直航效益。
第四、在航點方面，增加大陸新的航點，可以使兩岸往返旅客或貨物獲得最大的便利，應該要妥予規劃。
其他如准許兩岸航空業者互設分公司，設立物流中心，可以攬貨，簽發提單；推動兩岸民航技術的交流，對於機務維修、管理以及飛航技術交流研討，以增進兩岸飛航安全；合作培訓航空人才，由兩岸航空業者及民航學校合作，加強培訓機師、以及空難搜救處理等等兩岸合作事項，均可經過兩岸海基、海協兩會協商來具體推動。
二、在海運直航方面
第一，在海上貨運直航方面，一九九六年開放的兩岸「境外航運中心」，已有貨輪直航高雄與福州、廈門之間，證明直航根本不影響國家安全，但由於我方以行政命令自我設限，不同意貨物通關入出境，以致效益不彰。如今只要取消自己的限制，即可達到貨物直航的目的，尤其是大陸開放我農產品免關稅登陸，如能先同意農產品通關出口，必能大幅增加我農產品的競爭力。
第二，貨輪開放直航後，應進一步開放客輪直航，只要落實入出境管理，採取團近團出的方式，並強化旅行社及導遊的管理功能，絕不會因直航而影響國家安全。
第三，建議大陸當局，除現已開放之廈門、福州兩個「定點直航」港口外，全面開放大陸港口為兩岸海運客貨直航港口。
其他海運事項，如准許兩岸權宜籍船，經營大陸沿海及內河港口間自攬貨物的轉運、准許對方業者在其境內設立分支機構、相互免除海運賦稅等等事項，也應經過兩岸海基、海協兩會協商，儘速推動。
三、小三通方面
2001年1月1日政府依據「試辦金門馬祖通航實施辦法」，開始試辦金馬小三通，實施迄今並無國家安全問題，也為人民往來兩岸開啟一扇便捷之門，同時也為離島注入一項繁榮的因子。
馬總統執政後，2008年9月行政院擴大小三通推動順利，包括讓澎湖小三通正常化、開放大陸民眾取得金馬落地簽和多次簽，以及開放大陸觀光客經金馬中轉後來台灣本島等措施。而大陸國台辦主任王毅則是於9月7日在廈門宣佈，原先開放能赴台旅遊的13個省市居民，也可經小三通途徑中轉來台。
在此基礎上，我們建議政府，要讓「小三通」功能充分發揮，還要開放兩岸貨物能藉「小三通」路線中轉，及准許所有金、馬及澎湖民眾都可以與大陸民眾進行合法商品的小額貿易，讓金、馬及澎湖成為兩岸「自由貿易區」及免稅的購物天堂，作為「兩岸共同市場」的試點。
四、配套措施
不可穢言，兩岸直航實施後，兩岸交往必然更加密切，所衍生出必須解決之事項也會增多，會對台灣國家安全及社會安定造成或多或少的影響。但兩岸直航對台灣經濟發展絕對是「利大於弊」的政策，有為的政府，應該作「興利除弊」的配套工作，將兩岸直航所產生的負面影響降至最低，而使其商機擴至最大，絕對不能因為一點點的影響而將無限的商機棄之門外，更不可以將此一議題無線上綱至主權爭議，而使此一有利於兩岸發展的措施胎死腹中。
兩岸直航後所產生的國家安全、經濟發展及社會安定方面的配套措施，我們有以下建議：在國家安全方面，兩岸海空直航後，增加的兩岸空中客貨機及海上客貨輪的往來，我們相信，以台灣現有國軍海空防的實力，絕對有能力因應。至於兩岸直航後兩岸人員往來日益頻繁之問題，目前只要落實入出境管理，採取團近團出的方式，妥為規劃與執行，並強化旅行社及導遊的管理功能，絕不會影響國家安全，待我因應兩岸直航的安全工作上軌道後，大陸人民來台自由行也將可以具體實施。
其次，在台灣經濟發展方面，因兩岸直航所可能導致勞力密集產業出走及勞工失業的可能問題，我們建議的配套措施有：第一、傳統產業的升級改造；第二、發展資訊、生物技術等高科技；第三、藉直航建設台灣為全球運籌中心及亞太轉運中心，並據以發展運輸、倉儲、報關、金融、保險等服務業，以吸納因製造業外移產生之失業人口；第四，對失業勞工予以職業訓練，以因應台灣新的產業發展方向。
第三，在社會安定方面，我們建議的配套措施有：
（一）因兩岸直航衍生所需的服務機制或單位要加以設置，如在重點港口設置兩岸貨品交易中心、兩岸漁貨交易中心，兩岸旅遊綜合服務中心等機構。
（二）雙方對交流所需的軟硬體設施應予加強，如加強建設港埠碼頭、機場、觀光旅館、服務機構的設施與建制，以應人員、貨物、旅遊及通訊等交流負荷量增加的需求。
（三）雙方宜設專責機構來處理因交流衍生的經貿、漁業、觀光旅遊、學術文化、宗教及醫療等方面產生的糾紛。
（四）雙方對交流產生的走私毒品、仿冒品、炸魚等不法行為，宜設共同打擊犯罪機構處理。
（五）雙方對交流衍生的禽流感與各種可能產生的疫情宜設檢驗、防疫及處理機制。
五、結語
面對全球化、區域經濟整合、知識經濟來臨及中國大陸經濟崛起的客觀事實，台灣經濟的發展戰略，必需走向徹底國際化與自由化，並善用大陸利基（Niche）成為自身經濟發展的助力。在此戰略目標下，我們應該開放兩岸直航，節省人民及企業往來兩岸的時間及成本，提昇國際競爭力，並使台灣邁向亞太海空轉運中心，台商全球運籌中心及國際企業的亞太營運中心。
兩岸直航在兩岸各界的努力下，目前已有高度共識，將之定位在經濟議題，並且努力促成實現，馬總統上台後，兩岸關係展現空前和諧的一面，兩岸週末包機直航及大陸觀光客來台均已具體實現，相信未來在兩岸海基海協兩會，以及兩岸各界共同努力下，海空直航一定會具體落實，為兩岸關係的良性互動邁出最穩健的一大步。
至於兩岸直航所衍生出的相關的國家安全、經濟發展及社會安定等問題，只要政府做好配套措施，必可「興利除弊」，將兩岸直航的效益發揮極致。
參考書目
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（本文發表於致理技術學院舉辦之「新形勢下的兩岸關係研討會」，論文集89-104頁，中華民國97年10月23-24日，本文代表作者個人意見）
李正修
王順民
劉新圓
