此一作法根源於衛生署以醫療主管機關立場，認定醫療機構與駐診醫師間的聘任關係，應定性為「僱傭關係」，因此，財政部研議據以認定駐診醫師所得屬於「薪資所得」，不能按照以往行政慣例採「執行業務」所得課稅。
然而上述主管機關的見解，仍有不當之處。
首先，醫療法第二條僅規定醫療機構，係指供醫師執行醫療業務之機構。同法第十二條規定有關醫療機構應配置一定數量的醫療專業人員，法律並未規定兩者間僅能採取「僱傭關係」，因此，聘任合約當事人間如果約定為委任或承攬關係，本於契約自由原則，應為法律所允許。如果主管機關要加以限制，必須有法律依據，否則，恐有牴觸憲法保障人民的執業自由與法律保留原則。目前主管機關如要將駐診醫師強行認定為「僱傭關係」，恐於法不合。
其次，財政部要認定駐診醫師所得性質，依據稅捐稽徵法第十二條之一規定，應本於實質經濟活動內含認定，如果駐診醫師也必須負擔醫療機構的相關設備等成本費用或其他有關成本費用，而具有獨立執行業務活動的性質時，則稽徵機關也不能單憑衛生署對於駐診醫師的僱傭關係定位認定，就採形式課稅方式，強行認定為薪資所得，否則將違反實質課稅原則，仍屬違法。
最後，駐診醫師所得歸類為執行業務所得或薪資所得，本於公平課稅原則，原本不應有差別待遇，其最終稅負應當相同。然而現在會發生此種稅負懸殊的情況，究其原因，一者財政部以往對於駐診醫師的費用標準以收入二成計算，可能偏高，與實際通常情況不符。或者，薪資所得者僅能每年概算扣除十萬四千元的必要費用，而不准實報實銷列舉扣除必要費用，也有不公平對待薪資所得者的地方。因此，本案根本解決之道，是應修改稅法，准許薪資所得者的必要費用，均可選擇實報實銷列舉扣除，才能真正實現租稅公平。
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